Uchambuzi wa maumbile ya sifa za biochemical ya aina ya Yersinia pestis ya aina kuu na ndogo za Odinokov, Georgy Nikolaevich. Masharti ya ulinzi

Yersinia pestis kuu na ndogo ndogo

02/03/03 - microbiolojia

tasnifu za shahada ya kitaaluma

Saratov - 2010 2

Kazi hiyo ilifanywa katika Taasisi ya Utafiti ya Kupambana na Tauni ya Urusi "Microbe" Huduma ya Shirikisho juu ya usimamizi katika uwanja wa ulinzi wa haki za walaji na ustawi wa binadamu"

Wasimamizi wa kisayansi:

Mwanachama Sambamba wa Chuo cha Sayansi ya Tiba cha Urusi, Daktari wa Sayansi ya Tiba, Profesa Kutyrev Vladimir Viktorovich Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Mwandamizi. Mtafiti Eroshenko Galina Aleksandrovna

Wapinzani rasmi:

Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa Lidiya Vladimirovna Karpunina Daktari wa Sayansi ya Tiba Natalya Ivanovna Mikshis

Shirika linaloongoza: Kuanzishwa Chuo cha Kirusi Sayansi ya Tiba "Taasisi ya Utafiti ya Epidemiology na Microbiology iliyopewa jina la Msomi wa Heshima N.F. Gamaleya RAMS"

Utetezi utafanyika "_"masaa 2010 katika mkutano wa baraza la tasnifu D 208.078.01 kwa utetezi wa tasnifu za udaktari na wagombea katika Taasisi ya Jimbo la Shirikisho "Taasisi ya Kupambana na Tauni ya Urusi" (410005, Saratov, Universiteitskaya). Mtakatifu, 46).

Tasnifu hiyo inaweza kupatikana katika maktaba ya kisayansi ya Taasisi ya Jimbo la Shirikisho "Taasisi ya Kupambana na Tauni ya Urusi "Microbe".

Katibu wa kisayansi wa baraza la tasnifu, Daktari wa Sayansi ya Biolojia, mtafiti mkuu A.A. Sludsky

MAELEZO YA JUMLA YA KAZI

Umuhimu Matatizo. Tauni ni kitovu cha asili cha zoonotic hasa bakteria hatari ya karantini ugonjwa wa kuambukiza na utaratibu wa kuambukizwa wa maambukizi ya pathojeni [Cherkassky, 1996]. Ugonjwa wa tauni ni tishio la kweli kwa idadi ya watu kwa sababu ya uwepo wa sababu nyingi za tauni, ambazo zingine ziko Shirikisho la Urusi na nchi jirani [Onishchenko et al., 2004]. Kuna uwezekano mkubwa wa pathojeni ya tauni kuletwa nchini Urusi kutoka nchi jirani ambazo hazijaathiriwa na ugonjwa huu, pamoja na matokeo ya vitendo vya kigaidi. Kulingana na WHO, zaidi ya visa 2,000 vya tauni hurekodiwa kila mwaka kote ulimwenguni, nyingi kati yao ni mbaya. Mlipuko mkubwa wa tauni ya nimonia mwaka 2009 ulitokea katika Mkoa unaojiendesha wa Hainan Tibet wa China, ambao pia uliripoti idadi ya vifo. Ukweli huu wote unahitaji haraka maendeleo ya mbinu mpya, zenye ufanisi sana za kutambua pathojeni ya tauni, kwa kuzingatia teknolojia za kisasa, na njia za kuzuia na matibabu ya ugonjwa hatari unaosababisha.

Uainishaji wa pestis ya Yersinia iliyotumiwa hadi sasa imezingatia sifa za kimofolojia, kitamaduni, biokemikali na zingine za phenotypic tu [Bezsonova, 1928; Borzenkov, 1938; Tumansky, 1957; Timofeeva, 1968; Kutyrev, Protsenko, 1998; Devignat, 1951] na hawakuwa na hasara zinazohusiana na utofauti wa sifa hizi. Hata hivyo, nini kimepatikana katika Hivi majuzi Maendeleo katika genetics ya kimsingi na microbiolojia ya molekuli hufanya iwezekanavyo kuhamisha suluhisho la matatizo ya utaratibu wa pathojeni ya pigo hadi kiwango kipya cha ubora, kulingana na matumizi ya vipengele vyake vya maumbile ya molekuli.

Kwa mujibu wa uainishaji wa ndani unaokubalika sasa, aina za pathojeni ya pigo imegawanywa katika aina kuu na 4 ndogo (Caucasian, Altai, Gissar na Ulegey) [Timofeeva, 1985; Kutyrev, Protsenko, 1998]. Kulingana na uainishaji ulioenea wa kigeni, aina za Y. pestis, kulingana na tofauti katika idadi ya mali za biokemikali (uwezo wa kuchachusha glycerol, kupunguza nitrati, na oksidi ya amonia) na kwa misingi ya kihistoria na kijiografia, imegawanywa katika biovars tatu: antiqua. (kale), medievalis (medieval) na orientalis (Mashariki). Kulingana na sifa za phenotypic, aina za spishi kuu zinalingana na biovars tatu (zamani, medieval na mashariki) zilizokubaliwa katika uainishaji wa kigeni. Hata hivyo, aina za Y. pestis zinazozunguka katika foci ya asili ya tauni katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani hubakia bila utaratibu kulingana na mali yao ya biovars maalum.

wadudu hawana uwezo wa kupunguza nitrati, lakini ferment glycerol na arabinose.

Matatizo ya biovar ya mashariki hayachachi glycerol, lakini hupunguza nitrati na kutumia arabinose.

Matatizo ya spishi ndogo zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kama sheria, ni hatari sana na zina umuhimu mkubwa wa janga. Hazichachi rhamnose na melibiose, sio nyeti kwa wadudu I, na wana kiwango cha juu cha uzalishaji wa isocitralase. Aina ndogo za spishi ndogo huchacha rhamnose na melibiose, ni nyeti kwa wadudu I, hazionyeshi shughuli ya isositrati-lyase, ni hatari kwa wanyama wa maabara kwa kuchagua, na hazina umuhimu mdogo wa janga.

Sababu za kijeni za usemi tofauti wa sifa za kibiokemikali zinazotumiwa katika kugawanya aina za Y. pestis kwenye biovars na spishi ndogo bado hazijasomwa vya kutosha hadi sasa. Kitu pekee ambacho kimethibitishwa kwa uhakika ni kwamba sababu ya kukosekana kwa uchachushaji wa glycerol katika aina za biovar ya mashariki ni mabadiliko katika jeni ya glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). Ilionyeshwa kuwa aina zote za biovar ya mashariki zina ufutaji wa 93 bp katika jeni hili. . Katika fasihi, kuna kazi chache tu za kuamua tofauti katika muundo wa jeni la Y. pestis ya spishi kuu na ndogo, kusimba upunguzaji wa nitrati na uchachushaji wa rhamnose [Kukleva et al., 2008;

2009; Anisimov et al., 2004; Zhou et al., 2004].

Sababu za kutofautiana kwa aina ya microbe ya tauni katika suala la mahitaji ya lishe bado haijulikani. Matatizo kutoka kwa tauni tofauti za asili hutofautiana katika mahitaji ya lishe, yanayotokana na usumbufu katika jeni za kimetaboliki ya kati, ambayo inaweza kutumika katika mpango wa maumbile kwa kutofautisha aina za Y. pestis kutoka kwa tauni tofauti za asili.

Utambulisho wa mabadiliko katika muundo wa jeni ambao unasisitiza udhihirisho tofauti wa sifa za kibayolojia na biochemical utatumika kama msingi wa kuaminika wa kuunda mpango wa maumbile wa kuainisha aina za pathojeni ya tauni, na pia kwa kuamua mwelekeo kuu wa mageuzi ya ndani ya Y. wadudu.

Lengo la kazi. Uamuzi wa msingi wa kijeni kwa usemi tofauti wa sifa za kibayolojia zinazotumiwa kugawanya aina za pathojeni ya tauni katika spishi ndogo na viumbe hai.

Malengo ya utafiti:

Ili kubainisha aina ya Y. pestis kutumika katika kazi, pekee kutoka kwa tauni foci asili katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kwa mujibu wa mali zao za biochemical (kupunguza nitrati, uzalishaji wa isocitrate lyase, fermentation ya arabinose na melibiose), ambayo ni msingi wa mgawanyiko. katika jamii ndogo na viumbe hai. Ili kujua ikiwa aina zinazozunguka nchini Urusi na nchi jirani ni za biovars fulani.

Kusoma muundo na kazi shirika la jeni encoding sifa tofauti kutumika katika mgawanyiko katika biovars - nitrati kupunguza na arabinose Fermentation.

Ili kutambua mabadiliko katika jeni za Y. pestis ambazo huamua uchachushaji wa melibiose na uzalishaji wa isocitrate lyase, ambayo ina msingi wa utofautishaji wa spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni.

Kuamua mahitaji ya lishe ya aina ya Y. pestis ya jamii ndogo ya Caucasian na kuanzisha msingi wa maumbile ya auxotrophy yao.

Kutathmini matarajio ya kutumia matokeo yaliyopatikana ili kuunda mpango wa maumbile kwa uainishaji wa ndani wa aina ya Y. pestis na kuanzisha maelekezo kuu ya mageuzi ya intraspecific ya pathojeni hii.

Riwaya ya kisayansi kazi. Kulingana na data kutoka kwa uchambuzi tata wa kibaolojia, biochemical na maumbile, ilianzishwa kuwa aina ya pathojeni ya tauni inayozunguka katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni ya biovars ya zamani na ya medieval.

Ilionyeshwa kwa mara ya kwanza kuwa sababu ya ukosefu wa shughuli za kupunguza nitrati katika aina fulani za spishi kuu zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni uwepo wa kibadilishaji kimoja cha nukleotidi G T katika nafasi ya upunguzaji wa nitrate ya periplasmic. gene - napA, ambayo inathibitisha kwamba aina hizi ni za biovar ya medieval. Ukosefu wa usemi wa sifa hii katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar husababishwa na kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine (+T) katika nafasi ya 302 ya jeni lingine, ssuA, ambayo husababisha kuhama kwa sura ya usomaji na usumbufu wa jeni. muundo wa protini ya usafirishaji iliyosimbwa, SsuA, ambayo pia inahusika katika upunguzaji wa nitrati.

Ilianzishwa kwa mara ya kwanza kuwa kutokuwepo kwa uchachushaji wa arabinose katika Y.

wadudu wa spishi ndogo za Altai na Gissar huhusishwa na uwepo wa mabadiliko katika jeni la udhibiti wa arabinose operon - araC, ambayo ina kuingizwa kwa nucleotide ya guanine (+G) katika nafasi ya 773 tangu mwanzo wa jeni, na kusababisha mabadiliko katika sura ya kusoma na usumbufu wa muundo wa protini ya udhibiti AraC, muhimu kwa ajili ya kuanzisha jeni transcription arabinose operon.

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile wa uzalishaji tofauti wa isocitrate lyase katika aina ya pathojeni ya tauni ya spishi kuu na ndogo imeanzishwa, inayohusishwa na uwepo wa kuingizwa kwa nyukleotidi mbili (+CC) katika jeni la udhibiti iclR. katika nafasi ya 269, ambayo inaongoza kwa kutofanya kazi kwa protini ya kikandamizaji ya operon ya acetate IclR iliyosimbwa nayo na ndiyo sababu ya usanisi wa kimeng'enya cha isocitrate lyase katika aina za spishi ndogo kuu. Aina za spishi ndogo zina jeni isiyobadilika ya iclR na haina uwezo wa kujumuisha usanisi wa isositrati lyase.

Imeonekana kuwa kutokuwepo kwa fermentation ya melibiose katika aina za Y. pestis za aina ndogo kuu ni kutokana na kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingiza IS285 kwenye jeni la melB, ambalo huweka enzyme ya galactoside permease. Katika aina za spishi ndogo ndogo, uingizaji wa IS285 katika jeni la melB haupo.

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya aina ndogo ya Caucasian imetambuliwa, ambayo inahusishwa na kuanzishwa kwa mlolongo wa uingizaji wa IS100 kwenye jeni la argA na aroF, uingizaji wa 10 bp. kwenye jeni la aroG, kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine kwenye jeni la thiH na kufutwa kwa 13 bp. katika jeni la thiG.

Sifa za molekuli zilizopatikana za aina za Y. pestis za spishi ndogo ndogo na kuu na ndogo kwa jeni zinazosimba sifa za kibaykemia zinazohusu mgawanyiko wa spishi ndogo na viumbe hai huunda msingi wa ukuzaji wa mpango wa kijeni kwa uainishaji wa ndani wa pathojeni ya tauni.

Kulingana na matokeo ya kazi, maombi ya uvumbuzi "Njia ya kuamua aina ndogo za aina za pathojeni za tauni kwa mpangilio" (Na. 2009116913. Kipaumbele cha Mei 14, 2009. Uamuzi wa kutoa hati miliki ulipokelewa) na "Njia ya upambanuzi wa spishi ndogo za aina za Yersinia pestis kwa kutumia uchapaji wa mfuatano wa multilocus (Na. 2009146094) . Kipaumbele cha tarehe 12/11/2009).

Umuhimu wa vitendo kazi. Kulingana na matokeo ya kazi, iliyoandaliwa na kupitishwa miongozo"Uamuzi wa spishi ndogo za aina za pathojeni ya tauni kulingana na mpangilio wa jeni za rhaS na araC zinazodhibiti uchachushaji wa rhamnose na arabinose" (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIPCI "Microbe". Itifaki Na. 6 ya Juni 16, 2009 na " Uamuzi wa aina ndogo za aina za Yersinia pestis kwa kutumia njia ya uchapaji wa mlolongo wa multilocus (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIPCI "Microbe". Itifaki No. 1 ya Februari 23, 2010).

Aina tatu zimewekwa kwenye Mkusanyiko wa Jimbo wa Bakteria Pathogenic: Y. pestis KM 910 ya Altai, KM 596 ya Gissar na KM 1861 ya spishi ndogo za Ulegey kama aina za marejeleo za spishi ndogo hizi.

Data juu ya shirika la maumbile ya aina za Y. pestis zilizopatikana wakati wa utafiti hutumiwa wakati wa kutoa mihadhara juu ya somo "Genetics of the Plague Causative Agent" katika utaalam na kozi za mafunzo ya juu katika RosNIPCI "Microbe".

Masharti ya ulinzi:

1. Matatizo ya pathojeni ya tauni ya spishi ndogo kuu zinazozunguka katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni mali ya viumbe vya zamani na vya medieval, kama inavyothibitishwa na data kutoka kwa uchambuzi wa kina wa mali ya microbiological, biochemical na maumbile ya aina hizi.

2. Msingi wa udhihirisho tofauti wa sifa za biokemikali zinazotumiwa katika kugawanya aina za Y. pestis katika spishi ndogo na biovars ni aina tofauti za mabadiliko katika jeni zinazosimba sifa hizi. Ukosefu wa uwezo wa kupunguza nitrati katika aina za spishi kuu za biovar ya enzi ya kati unahusishwa na uwepo wa mabadiliko yasiyo na maana (G T) katika jeni la napA la reductase ya nitrate ya periplasmic, na katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar - na kuingizwa kwa nyukleotidi moja kwenye jeni ya ssuA ya protini ya usafirishaji ya periplasmic SsuA. Kutokuwepo kwa uchachushaji wa arabinose katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar ni kutokana na kuingizwa kwa nyukleotidi ya guanini kwenye mlolongo wa jeni araC.

Kutokuwepo kwa uchachushaji wa melibiose na aina za spishi ndogo kuu ni kwa sababu ya kuanzishwa kwa IS285 kwenye jeni la melB galactoside permease, na usanisi wa isocitrate lyase katika aina za spishi hii ndogo ni kwa sababu ya kuingizwa kwa nyukleotidi mbili (CC) kwenye mlolongo wa jeni udhibiti iclR. Aina za spishi ndogo zina jeni zisizobadilika za melB na iclR.

4. Sababu ya mahitaji mengi ya lishe ya aina ya Y. pestis ya jamii ndogo ya Caucasian ni kutofanya kazi kwa idadi ya jeni kwa biosynthesis ya amino asidi na vitamini. Utegemezi wa aina za spishi hii ndogo kwa arginine unasababishwa na kuingizwa kwa IS kwenye jeni ya argA; kwa phenylalanine, husababishwa na kuingizwa kwa 10 bp. katika jeni la aroG, kwa tyrosine - kwa kuanzisha IS100 kwenye jeni ya aroF, kwa thiamine (B1) kwa kufuta 13 bp. - kwenye jeni la thiG na kuingizwa kwa nyukleotidi moja kwenye thiH. Kulingana na tata nzima ya mabadiliko yaliyotambuliwa kwa aina za Caucasian na spishi ndogo nyingine, pamoja na biovars ya pathojeni ya tauni, genotypes ya tabia iliamuliwa ambayo inaweza kutumika kuunda mpango wa maumbile kwa uainishaji wa ndani wa Y. pestis.

Uidhinishaji wa kazi. Nyenzo za tasnifu ziliwasilishwa na kujadiliwa katika Mkutano wa IX wa Kisayansi na Vitendo wa Nchi Wanachama wa CIS "Teknolojia za kisasa katika utekelezaji wa mkakati wa kimataifa wa kupambana na magonjwa ya kuambukiza kwenye eneo la nchi wanachama wa Jumuiya ya Madola Huru", Volgograd. , 2008; Mkutano wa Kimataifa wa VI "Uchunguzi wa Masi na Usalama wa Bio", M., 2009; kongamano la shule za kisayansi na vitendo la wanasayansi wachanga na wataalamu wa Huduma ya Shirikisho ya Usimamizi wa Ulinzi wa Haki za Mtumiaji na Ustawi wa Kibinadamu "Teknolojia za Kisasa za kuhakikisha usalama wa kibayolojia", Mei 25 - 27, 2010; katika mikutano ya mwisho ya kila mwaka ya RosNIPCI "Microbe", Saratov 2008 - 2010.

Muundo na upeo wa tasnifu. Tasnifu hii imewasilishwa katika kurasa 157 za maandishi yaliyoandikwa kwa chapa, ina utangulizi, sura ya mapitio ya fasihi, sura tano za utafiti wake mwenyewe, hitimisho na hitimisho. Kazi hiyo inaonyeshwa na meza 11 na michoro 34. Fahirisi ya biblia ina vyanzo 203 vya ndani na nje ya nchi.

MSINGI MAUDHUI YA KAZI

Nyenzo na mbinu 111 aina ya Y. pestis na Y. pseudotuberculosis zilitumika katika kazi hii, ikiwa ni pamoja na tauni kuu kisababishi magonjwa na aina 50 ya aina ndogo ndogo pekee katika Shirikisho la Urusi, karibu na mbali nje ya nchi. Matatizo 10 ya Y. pseudotuberculosis ya asili mbalimbali pia yalijifunza. Utafiti wa tabia ya kitamaduni, kimofolojia na kibayolojia ya aina hizo ulifanywa kwa kutumia mbinu za kitamaduni [Mwongozo wa Vitendo wa Uchunguzi wa Maabara wa Magonjwa Hatari ya Kuambukiza, 2009]. Kutengwa kwa DNA kutoka kwa aina za Y. pestis kulifanyika kwa kutumia njia ya kawaida kwa mujibu wa utaratibu uliotolewa katika M.U.

1.3.2569-09 "Shirika la kazi ya maabara kwa kutumia njia za kukuza asidi ya nucleic wakati wa kufanya kazi na nyenzo zilizo na vijidudu vya vikundi vya pathogenicity I - IV." Uchambuzi wa bidhaa zilizopatikana na PCR ulifanyika katika gel ya agarose 0.8 - 2% kwa mujibu wa miongozo ya T. Maniatis et al. . Uamuzi wa mlolongo wa nucleotide wa jeni ulifanyika kwa mfano wa analyzer ya maumbile "CEQ 8000" (Beckman Coulter) kulingana na njia ya F. Sanger. Uchambuzi wa kulinganisha Jenomu za Y. pestis na Y. pseudotuberculosis na njia za kimetaboliki kwa biosynthesis ya mambo ya ukuaji zilifanywa kwa kutumia algorithm ya BLAST ya hifadhidata ya NCBI GenBank na KEGG Metabolic Pathways. Uchunguzi wa phylogenetic wa matatizo ulifanywa kwa kutumia programu za Mega 4.0, PHYLIP na SplitsTree4 na mbinu za matrix ya umbali: UPGMA, FITCH, Kitch, Jirani-Kujiunga, Mageuzi ya Kiwango cha chini.

MATOKEO YA UTAFITI

1. Uchambuzi wa mali ya microbiological na biokemikali ya aina ya Y. pestis ya aina kuu na ndogo kutoka kwa foci mbalimbali za asili za pigo. Aina zote za Y. pestis zilizotumiwa katika kazi zilichunguzwa kwa shughuli zao za biochemical: uwezo wa kupunguza nitrati, fermentation ya glycerol, arabinose, melibiose, rhamnose, uzalishaji wa isacitrate lyase - sifa zinazotumiwa katika kugawanya katika spishi ndogo na biovars. Ilibainika kuwa aina zote zilizosomwa za spishi ndogo kuu - Y. pestis ssp. wadudu hawakuchachusha rhamnose na melibiose, lakini walizalisha lyase ya isocitrate. Kinyume chake, aina zote za Y. pestis za spishi ndogo zilichachusha rhamnose na melibiose, lakini hazikutoa isositrati lyase. Maelezo yaliyopatikana yanahusiana na data ya kifasihi kuhusu sifa za kibiokemikali za aina za Y. pestis zinazotumiwa kutofautisha spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni.

Wakati wa kujifunza sifa za biochemical zinazotumiwa katika kugawanya aina za Y. pestis katika biovars - kupunguzwa kwa nitrati, fermentation ya arabinose na glycerol, heterogeneity katika mali hizi ilianzishwa katika matatizo ya aina kuu na ndogo. Baadhi ya aina ya subspecies kuu pekee katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani hazipunguza nitrati, ambayo ilionyesha kuwa ni ya biovar ya medieval. Matatizo ya aina ndogo ndogo - Altai, Gissar na Ulegei pia hawakupunguza nitrati, wakati aina za Caucasian zilikuwa nzuri kwa sifa hii.

Kulingana na tabia ya pili ya kutofautisha - uchachushaji wa arabinose, aina zote za Y. pestis za spishi ndogo kuu, za Caucasian na Ulega zilizosomwa katika kazi hiyo zilikuwa sawa na zilitumia monosaccharide hii. Matatizo ya spishi ndogo za Altai na Gissar hazikuchacha arabinose, na msingi wa maumbile wa usemi tofauti wa sifa hii haukujulikana.

Ukosefu wa uwezo wa kuchachusha glycerol (tabia nyingine ya tofauti ya biochemical) ni sifa ya tabia ya aina ya biovar orientalis. Hata hivyo, hakuna foci yenye mzunguko wa mara kwa mara wa matatizo hayo yametambuliwa katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani. Kuna ripoti pekee katika fasihi kuhusu kutengwa kwa aina tofauti za glycerin-hasi za Y. pestis katika maeneo haya [Sagymbek et al., 2003; Onishchenko et al., 2004].

Alama ya kinasaba ya tabia ya aina za biovar orientalis ni kufutwa kwa 93 bp. katika jeni ya glpD - glycerol-3-phosphate dehydrogenase.

Tuligundua kwamba aina zote za Y. pestis kutoka foci ya asili ya tauni katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani hazikuwa na sifa ya kufuta 93-bp ya biovar ya mashariki katika gene ya glpD, ambayo inathibitisha kutokuwepo kwa aina za biovar ya orientalis kati yao (Mchoro 1). ) Matatizo hayo yaligunduliwa tu kati ya pekee zilizopatikana katika nchi za kigeni.

Mchoro 1. Uchambuzi wa PCR wa aina za Y. pestis na primers kwa gene ya glpD: 1 - 16 - aina ya aina kuu kutoka kwa tauni ya asili katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani; 17 - 19 - aina ya biovar ya mashariki kutoka nchi za kigeni; 20 - udhibiti hasi.

Mishale inaonyesha ukubwa wa amplifiers zilizoundwa.

Kwa hivyo, aina za Y. pestis tulizosoma, zilizotengwa kwenye eneo la Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kulingana na tata ya sifa za biochemical ( fermentation ya glycerol, kupunguza nitrati) ni ya biovars ya kale na ya medieval, ambayo inahusiana na maoni yanayokubaliwa kwa ujumla. kwamba aina za biovari hizi ziko kwenye foci ya bara ya tauni , na aina za biovar ya mashariki - kwa foci ya aina ya panya iliyo kando ya pwani ya bahari.

Wakati wa kazi hii, umakini mkubwa ulilipwa kwa uchunguzi wa aina ya pathojeni ya tauni ya spishi ndogo za Caucasus, kwani, kulingana na watafiti kadhaa [Bobrov, Filippov, 1997], ndio wa zamani zaidi wa aina zilizobaki za tauni. pathojeni na ziko karibu zaidi na mtangulizi wake, Y.

pseudotuberculosis. Kwa upande wa mali ya biokemikali, aina za spishi hii ndogo ziligeuka kuwa kazi zaidi kati ya aina zote ndogo za Y. pestis. Walikuwa na shughuli ya kupunguza nitrati na glycerol iliyochacha, arabinose, rhamnose, na melibiose. Kwa kuwa kulikuwa na data zinazokinzana katika fasihi juu ya mahitaji ya lishe ya aina ya spishi hii ndogo [Martinevsky, 1969; Aparin, Golubinsky, 1989], tulifanya utafiti ili kufafanua mahitaji ya lishe ya aina za spishi ndogo za Caucasian.

Ilibainika kuwa aina zote zilizosomwa za spishi ndogo za Caucasia ziliishi kwa usawa. Wamegundua hitaji la asidi ya amino - phenylalanine, tyrosine, arginine na vitamini B1 (thiamine). Mbali na mahitaji ya sababu hizi za ukuaji, aina kutoka kwa tauni ya Mashariki ya Caucasian ya mlima mrefu pia ilionyesha utegemezi wa leucine, wakati aina za spishi ndogo za Caucasian kutoka Leninakan, Prisevan, Zangezur-Karabakh, na Araksin foci asili hazikuwa nazo. utegemezi kama huo.

Kwa kuwa sababu za auxotrophy ya aina za spishi ndogo za Caucasia katika asidi ya amino na vitamini B1 (thiamine) hazijulikani, baadaye tulifanya uchunguzi wa msingi wa maumbile wa auxotrophy ya aina ya aina hii ndogo.

2. Uamuzi wa shirika la kimuundo na kazi la jeni zinazosimba sifa za biokemikali zinazotumiwa kutofautisha biovars ya pathojeni ya tauni. Kutokuwepo kwa uwezo wa kupunguza nitrati ni sifa ya tabia ya aina ya Y. pestis ya biovar ya medieval, ambayo inawatofautisha na aina. ya biovars ya zamani na ya mashariki. Matatizo ya aina ndogo za microbe ya pigo inayozunguka katika foci ya asili katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani pia hutofautiana katika shughuli zao za kukataa. Hata hivyo, sababu za maumbile ya udhihirisho tofauti wa sifa hii ndani yao bado haijulikani.

Kulingana na uchambuzi wa kompyuta wa kulinganisha wa jenomu za Y.

pestis na Y. pseudotuberculosis, iliyotolewa katika hifadhidata ya NCBI GenBank, ilibainika kuwa jeni zinazohusika katika kupunguza nitrati zimeunganishwa kwenye nap operon, ambayo ina muundo unaofanana na inajumuisha jeni sita: napA-F na napP (Mchoro 2) .

Jeni nyingine pia zinazohusika katika upunguzaji wa nitrati zilichunguzwa: narP na ssuA, usimbaji, mtawalia, protini ya udhibiti NarP na protini ya usafiri SsuA Kielelezo 2. Muundo wa nap operon katika aina za Y. pestis Kama matokeo ya uchambuzi wa kompyuta wa jeni za nap operon, uwepo wa vibadala vya nyukleotidi katika jeni zote za opereni hii, lakini muhimu zaidi ilikuwa uingizwaji wa nyukleotidi ya G T katika nafasi ya 613 tangu mwanzo wa jeni la napA, upunguzaji wa nitrate wa periplasmic, ambao ulitambuliwa hapo awali. Y. pestis KIM na aina zingine za biovar ya medievalis. Kulingana na uchanganuzi wa kompyuta kwa kutumia programu ya MEGA 4.0, ilianzishwa kuwa mabadiliko haya husababisha mabadiliko katika sehemu tatu ya GAA TAA, ambayo ni kodoni ya kusimamisha na kusababisha kusitishwa mapema kwa tafsiri ya mnyororo wa polipeptidi (baada ya mabaki ya 204 ya asidi ya amino) ya. molekuli ya enzyme hii.

Tuligundua mabadiliko mengine muhimu kwa udhihirisho wa shughuli ya kutofautisha jeni la kromosomu ssuA (ukubwa wa jeni 1123 bp), ambayo ilikuwa na uwekaji wa nyukleotidi ya thymine katika nafasi ya 302 katika aina ya microtus biovar 91001 (NCBI GenBank). Kulingana na uchanganuzi wa kompyuta kwa kutumia programu ya Mega 4.0, mabadiliko haya husababisha mabadiliko ya sura ya usomaji na usumbufu wa muundo wa protini ya SsuA.

Primers ziliundwa kwa ajili ya maeneo ya kutofautiana ya jeni za napA na ssuA, kwa msaada wa vipande vya jeni hizi vilikuzwa katika PCR na, baadaye, mlolongo wao wa nucleotide uliamua. Ili kutambua sababu za shughuli tofauti za denitrifying katika aina za Y. pestis, tulisoma aina 90 za pestis za aina kuu na ndogo kutoka kwa aina mbalimbali za pigo la asili, pamoja na aina 10 za pseudotuberculosis ya asili mbalimbali. Kama matokeo ya uchambuzi, ilianzishwa kuwa aina kuu za spishi kuu zilizotengwa katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, ambazo haziwezi kupunguza nitrati, zilikuwa na uingizwaji wa nukleotidi G T katika nafasi ya 613, tabia ya aina ya biovar medievalis, ambayo husababisha mabadiliko ya kodoni (GAA TAA) na kukomesha mapema kwa mnyororo wa polipeptidi ya tafsiri ya molekuli ya periplasmic nitrate reductase. Uwepo wa uingizwaji wa nyukleotidi katika nafasi ya 613, ambayo ni alama ya maumbile ya medievalis biovar, katika baadhi ya aina zilizosomwa za spishi kuu, pamoja na ukosefu wao wa shughuli za kutofautisha, hutumika kama msingi wa kuziainisha kama zama za kati. biovar.

Wakati huo huo, hatukugundua uwepo wa mabadiliko haya katika jeni la napA katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar, ambazo pia haziwezi kupunguza nitrati. Ilibainika kuwa sababu ya ukosefu wa shughuli ya kutofautisha katika aina hizi ni mabadiliko mengine yanayosababishwa na kuingizwa kwa nyukleotidi ya thaimini kwenye nafasi ya 302 ya jeni la ssuA la protini ya usafirishaji ya periplasmic SsuA. Mabadiliko haya hayakupatikana tu katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar, lakini pia katika aina 91001 ya microtus biovar, ambayo pia haiwezi kupunguza nitrati.

Kipengele kingine muhimu cha biokemikali kinachotumiwa kwa utofautishaji wa ndani wa aina za pathojeni ya tauni ni uchachushaji wa arabinose. Aina zote za spishi kuu, za Caucasian na Ulega zina uwezo wa kutumia kabohaidreti hii, wakati aina ndogo za Altai na Gissar, pamoja na microtus biovar, haziwezi kuitumia. Hata hivyo, sababu za maumbile za kutokuwepo kwa udhihirisho wa sifa hii katika matatizo ya aina ndogo ya Altai na Gissar ya pathogen ya pigo bado haijatambuliwa.

Kulingana na uchanganuzi linganishi wa kompyuta wa jenomu za Y. pestis na Y.

pseudotuberculosis (NCBI GenBank) imeanzishwa kuwa katika aina zote za pigo na microbes ya pseudotuberculosis, operon ya arabinose ina muundo unaofanana na ina jeni sita. Inajumuisha tano za kimuundo - araA, araB, araH, araF, araG, na jeni moja ya udhibiti araC (Mchoro 3).

Kielelezo 3. Muundo wa opereni ya arabinose ya Y. pestis Kama matokeo ya uchambuzi wa kompyuta wa kulinganisha wa jeni la arabinose operon, pamoja na jeni la araD katika Y. pestis na Y. pseudotuberculosis strains (NCBI GenBank), ilikuwa ilibaini kuwa kulikuwa na mabadiliko makubwa katika jeni la udhibiti araC, ambalo lilikuwa na ufutaji katika 112 bp. (26 – 137) na uwekaji wa guanini katika nafasi ya 773 katika aina ya microtus biovar 91001, kama ilivyopatikana hapo awali na D. Zhou et al. .

Jozi mbili zinazopishana za vianzio pembeni mwa mfuatano kamili wa nyukleotidi wa jeni hii ziliundwa kwa ajili ya maeneo tofauti ya jeni la araC, na vikuzaji vyake vilipatikana na PCR.

Mlolongo wa mlolongo kamili wa jeni la araC, ambalo tulitekeleza katika aina za asili za Y. pestis na aina 10 za Y. pseudotuberculosis, ilionyesha kuwa aina za aina ndogo za Altai na Gissar pekee zilikuwa na mabadiliko katika jeni la araC, ambalo lilihusishwa. kwa kuingizwa kwa nyukleotidi ya guanini katika nafasi 773, ilhali kama aina za spishi nyingine ndogo na aina ya vijiumbe vidogo vya pseudotuberculosis vilikuwa na muundo mzima wa jeni hii. Uwepo wa kufutwa kwa 112 bp, tabia ya matatizo ya microtus biovar, haukugunduliwa katika aina zilizojifunza za Y. pestis zilizotengwa katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani.

Kwa hivyo, tumeanzisha kwa mara ya kwanza kwamba ukosefu wa uwezo wa kutumia arabinose katika matatizo ya aina ndogo ya Altai na Gissar inahusishwa na kuingizwa kwa nucleotide moja katika jeni la araC.

3. Utambulisho wa mabadiliko katika jeni zinazosimba sifa tofauti zinazotumika katika kugawanya kisababishi cha tauni katika spishi kuu na ndogo Michubuko ya kisababishi cha tauni ya spishi ndogo, pamoja na aina za Y.

pseudotuberculosis ina shughuli ya enzymatic kuelekea melibiose ya disaccharide. Uwezo wa kutumia melibiosis pia ulipatikana katika aina za Y. pestis biovar microtus. Kinyume chake, aina zote za Y. pestis zilizo hatari sana za spishi ndogo hazichachi melibiosis. Sababu za maumbile za ukosefu wao wa shughuli hii ya biochemical bado haijulikani.

Kulingana na uchambuzi wa kulinganisha wa kompyuta wa jenomu za aina za Y. pestis na Y. pseudotuberculosis, zilizowasilishwa katika hifadhidata ya NCBI GenBank, tumegundua kuwa melibiose operon ya pathogens ya tauni na pseudotuberculosis ina muundo sawa na inawakilishwa na tatu. jeni - melA (YP_1469), melB (YP_1470) na melR (YP_1471) (Mchoro 4).

Kama matokeo ya uchambuzi wa muundo wa jeni hizi, ilianzishwa kuwa kuna mabadiliko muhimu kwa udhihirisho wa mali iliyosomwa katika melB ya jeni ya kimuundo, ikisimba protini ya usafirishaji MelB - galactoside permease. Katika mlolongo wa nyukleotidi wa jeni hili katika aina za spishi kuu - CO92, KIM, Antiqua na Nepal516 (NCBI GenBank), kuingizwa kwa mlolongo wa kuingiza - IS285 baada ya nyukleotidi 73 kugunduliwa. Kinyume chake, aina ya Y. pestis Pestoides F (spishi ndogo za Caucasian) na aina zote za Y. pseudotuberculosis zina muundo wa jeni wa melB.

Jozi ya vianzio pembezoni mwa eneo la kuingizwa la IS285 iliundwa kwa ajili ya maeneo tofauti ya jeni ya melB, na kipande cha jeni hii kilikuzwa na PCR. Katika aina zote za Y. pestis za spishi ndogo kuu zilizotumiwa katika kazi (tatizo 51), vikuzaji vilivyopatikana kwa kutumia jozi hii ya primers vilikuwa na ukubwa wa 1648 bp, ambayo ilionyesha kuanzishwa kwa IS285 (1324 bp) katika mlolongo wa jeni wa melB katika. matatizo haya na yanahusiana na ukosefu wao wa shughuli za enzymatic dhidi ya melibiosis. Tofauti na spishi ndogo kuu, PCR ilifichua vikuza sauti vya ukubwa mdogo (325 bp) katika aina ndogo zisizo kuu, ambazo zilionyesha muundo usio kamili wa jeni la melB na kuendana na uwezo wao wa kuchachusha disaccharide hii (Mchoro 5).

Kwa hivyo, tumegundua kuwa sababu ya ukosefu wa uwezo wa aina za Y. pestis za aina kuu za melibiose ni ukiukwaji wa muundo wa jeni la melB, unaosababishwa na kuingizwa kwa IS285. Aina za spishi ndogo zina jeni isiyobadilika ya melB.

Ili kutofautisha aina ndogo za spishi kuu za pathojeni ya tauni kutoka kwa aina ndogo ndogo na vijidudu vya pseudotuberculosis, uwezo wa zamani wa kusanisi kimeng'enya cha isocitrate lyase pia hutumiwa.

Kielelezo 5. Uchunguzi wa PCR wa jeni la melB katika matatizo ya pathogen: 1 - 3 - subspecies ya Caucasian;

4 - 5 aina ndogo za Gissar; 6 - 7 - aina ndogo za Altai; 8 – spishi ndogo za Ulegai; 9 - 17 - subspecies kuu; 18 - udhibiti hasi. Upande wa kushoto ni alama za uzani wa molekuli za X174/HincII.

Imeonyeshwa kuwa aina za Y. pseudotuberculosis na Y. pestis za spishi ndogo zisizo kuu, tofauti na aina za spishi ndogo kuu, hazina uwezo wa kuunda usanisi wa kimeng'enya hiki. Walakini, sababu za maumbile za tofauti katika usemi wa sifa hii katika aina za aina kuu na zisizo kuu hazijulikani kwa sasa.

Kulingana na uchambuzi wetu wa genomes ya wakala wa causative wa tauni na pseudotuberculosis katika aina zilizowasilishwa kwenye hifadhidata ya NCBI GenBank, ilianzishwa kuwa muundo wa acetate operon katika aina zote za wakala wa causative wa tauni ni sawa na inajumuisha jeni tatu za muundo. - aceA, aceB, aceK, ambazo ziko chini ya udhibiti hasi wa jeni iclR (Mchoro 6).

Mchoro 6. Muundo wa opereni ya acetate katika aina za Y. pestis Uchanganuzi wa kompyuta wa kulinganisha jeni za opereni ya acetate ulionyesha kuwepo kwa mabadiliko katika jeni inayodhibiti iclR (843 bp) ambayo ni muhimu kwa udhihirisho wa phenotypic wa mali inayochunguzwa. . Ilibainika kuwa katika aina za Y. pestis CO92, KIM, Antiqua, Nepal516 (jamii ndogo kuu), jeni la iclR lilizimwa kwa kuingizwa kwa nyukleotidi mbili (+CC) katika nafasi 269-270 tangu mwanzo wa jeni, na. ukubwa wake katika aina hizi ulikuwa 845 bp. Uingizaji (+CC) tuliobainisha katika nafasi ya 269-270 ya jeni la iclR husababisha kusitishwa mapema kwa tafsiri ya mnyororo wa polipeptidi wa protini ya kikandamizaji ya IclR, ambayo inajumuisha usemi wa jeni wa operon ya acetate na, kama matokeo, kiwango cha juu cha awali ya isocitrate lyase.

Jozi ya utangulizi iliundwa kwa eneo la kutofautisha la jeni la iclR, kwa msaada ambao muundo wa jeni hili ulisomwa katika aina 95 za asili za Y.

wadudu wa spishi kuu na ndogo na katika aina 10 za wakala wa causative wa pseudotuberculosis. Ilibainika kuwa mfuatano wa nyukleotidi wa vipande vya jeni vya iclR katika aina zote za Y. pestis za spishi ndogo za Caucasian, Altai, Gissar na Ulega zinafanana, kiasi cha 370 bp. na inalingana kikamilifu na mlolongo sawa wa aina ya microbe ya pseudotuberculosis, pamoja na aina ya Pestoides F (NCBI GenBank), ambayo inaonyesha intactness ya eneo lililopangwa la jeni la iclR na linahusiana na shughuli ya chini ya enzyme ya isocitrate lyase ndani yao. Picha tofauti ilipatikana katika aina za spishi kuu za pathojeni ya tauni. Uingizaji ulitambuliwa katika jeni la iclR - kuingizwa kwa nukleotidi mbili (+CC) katika nafasi 269 - 270, ambayo husababisha kuhama kwa sura ya usomaji wa jeni la udhibiti wa iclR na, kwa sababu hiyo, kwa usanisi wa msingi wa kimeng'enya cha isocitrate lyase katika aina za Y. pestis za spishi ndogo kuu.

4. Kuanzishwa kwa msingi wa kijeni wa auxotrophy ya aina ya Y. pestis ya spishi ndogo za Caucasian Kama tulivyoonyesha hapo juu, aina zote za spishi ndogo za Caucasia zinahitaji amino asidi kwa ukuaji wao: arginine, tyrosine, phenylalanium na vitamini B1 - thiamine. Hata hivyo, sababu za maumbile za auxotrophy ya aina za Y. pestis ssp.caucasica bado hazijasomwa.

Katika hatua ya kwanza, tulifanya uchanganuzi wa kompyuta wa njia ya biosynthesis ya arginine, tyrosine, phenylalane na vitamini B1 (thiamine) katika aina za Y. pestis na Y. pseudotuberculosis iliyotolewa katika hifadhidata ya KEGG Metabolic Pathways, na kubaini vimeng'enya muhimu vya biosynthesis ya mambo haya ya ukuaji na usimbaji wao jeni. Kwa kutumia algorithm ya BLAST, uchambuzi wa kulinganisha wa mfuatano wa nyukleotidi wa jeni kwa biosynthesis ya arginine, tyrosine, phenylalane na vitamini B1 (thiamine) ulifanyika katika aina za Y. pestis na Y. pseudotuberculosis (NCBI GenBank). Kulingana na matokeo ya uchanganuzi wa kompyuta, mabadiliko ambayo tuligundua katika aina ya Pestoides F katika jeni la muundo wa Nacetylglutamate synthase - argA, ambayo ilikuwa uwekaji wa mlolongo wa kuingiza IS100 baada ya nyukleotidi ya 196 tangu mwanzo wa jeni, iliibuka. kuwa muhimu kwa udhihirisho wa utegemezi wa arginine.

Katika uchanganuzi wa PCR kwa kutumia jozi ya vianzio vilivyowekwa pembeni mwa utangulizi wa IS100, iligundulika kuwa saizi ya kipande kilichotolewa cha jeni la argA katika aina zote za wakala wa causative wa tauni kuu, spishi ndogo za Altai na Ulega, na vile vile pseudotuberculosis, ilikuwa 215 bp, ambayo inalingana na muundo wa jeni usiobadilika. Vipande vya jeni la argA katika aina za Y. pestis za jamii ndogo ya Caucasia zilikuwa na kiwango cha juu zaidi. uzito wa Masi(2143 bp), unaosababishwa na kuwepo kwa uingizaji wa IS100, na kusababisha kutofanya kazi kwa jeni.

Uchambuzi wa jeni zinazohusika katika usanisi wa asidi ya amino yenye kunukia ulionyesha kuwa jeni la aroG (1053 bp), linalosimba isoenzyme ya DAGPS (3-deoxy-Darabinoheptulosonate-7-phosphate synthase), katika aina ya Pestoides F imezimwa kwa kuingizwa kwa 10. nucleotides (katika nafasi 820 - 829), na kusababisha kuhama kwa sura ya kusoma na kuvuruga kwa awali ya phenylalanine.

Wakati wa kupanga kipande cha aroG katika aina 95 za asili za spishi kuu na ndogo, iligundulika kuwa katika aina ya tauni ya spishi kuu, Altai, Gissar na Ulegey, jeni hili lina muundo kamili na husimba protini inayofanya kazi ya DAGPS. -. Kinyume chake, katika aina za spishi ndogo za Caucasia za Y. pestis, uingizaji wa bp 10 ulipatikana katika jeni la aroG. katika nafasi 820-829, na kusababisha mabadiliko katika sura ya kusoma na usumbufu wa muundo wa enzyme.

Uwepo wa mabadiliko haya katika aina zote za spishi ndogo za Caucasia zinazohusiana na ukosefu wao wa uwezo wa kuunganisha phenylalanine.

Jeni nyingine ya muundo, aroF (1071 bp), inayosimba isoenzyme ya DAGPSTyr, katika aina ya Pestoides F imezimwa kwa kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingiza IS100 baada ya nyukleotidi 888 tangu mwanzo wa jeni, ambayo husababisha kupoteza uwezo wa kuunganisha tyrosine. Katika uchanganuzi wa PCR, aina kuu za spishi ndogo za Altai, Gissar na Ulegei zilitoa vikuzaji vya jeni la aroF lenye ukubwa wa 563 bp, ambalo liliendana na muundo thabiti wa jeni. Katika aina za spishi ndogo za Caucasian, ukuzaji maalum wa jeni la aroF haukuundwa katika PCR, ambayo ilionyesha upotezaji wa kipande chake baada ya kuanzishwa kwa mlolongo wa uingizaji wa IS100 na kuhusishwa na tyrosine auxotrophy. Uchambuzi wa muundo jeni za njia ya kimetaboliki ya biosynthesis ya vitamini B (thiamine) ilionyesha kuwepo kwa mabadiliko makubwa katika jeni zinazosimba kimeng'enya cha thiazole synthase - thiG na thiH, ambazo hazikuwa zimeamilishwa katika aina ya Pestoides F kwa ufutaji wa 13 bp.

katika nafasi 384 - 396 na kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine (+T) kwenye nafasi ya 552.

Mpangilio wetu wa vipande vya thiG na thiH katika aina asilia za Y. wadudu ulifichua muundo usiobadilika wa jeni hizi katika aina kuu za spishi ndogo za Altai, Gissar na Ulegey, ambazo zilihusiana na uwezo wao wa kusanisi vitamini B1. Tofauti na jamii ndogo nyingine, aina za spishi ndogo za Caucasia zilionyesha kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine katika nafasi ya 552 ya jeni la thiH na ufutaji wa 13 bp. katika nafasi 384–396 za jeni la thiG, ambalo liliambatana na ukosefu wao wa uwezo wa kuunganisha thiamine.

Kwa hivyo, tumeamua kwa mara ya kwanza msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya Y. pestis ya aina ndogo za Caucasian. Ilianzishwa kuwa auxotrophy ya arginine inasababishwa na kuanzishwa kwa IS100 kwenye jeni la argA, kwa phenylalanine - kwa kuingizwa kwa nucleotides ndani ya aroG, kwa tyrosine - kwa kuingizwa kwa IS100 ndani ya aroF, kwa vitamini B1 - kwa kufuta 13 bp. katika thiG na kwa kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine katika thiH. Mabadiliko kama haya hayapatikani katika aina za Y. pestis za spishi nyingine ndogo (kuu, Altai, Gissar na Ulegei) na kwa hivyo inaweza kutumika kama alama za kijeni za aina za Caucasia.

5. Tathmini ya matarajio ya kutumia data iliyopatikana kuunda mpango wa kijeni kwa ajili ya uainishaji wa ndani wa kisababishi cha tauni. Kutokana na utafiti wetu, tuliweka msingi wa kinasaba wa usemi tofauti wa sifa za biokemikali zinazotumiwa katika kugawanya Y. wadudu huchuja kwenye spishi ndogo na viumbe hai. Tofauti ya jeni za napA, ssuA, araC, melB, iclR, argA, aroH, aroF, thiH na thiG zilizotambuliwa wakati wa kazi hii, pamoja na utofauti uliobainishwa hapo awali wa jeni ya glpD, pamoja na kubadilika kwa jeni inayodhibiti rhaS. ya rhamnose operon [Kukleva et al., 2008] inaweza kutumika kama msingi wa mpango wa kijenetiki wa kuainisha aina za pathojeni ya tauni katika viumbe hai na spishi ndogo. Kulingana na uchanganuzi wa kulinganisha wa mfuatano wa jeni hizi, tuliamua sifa za maumbile ya kuu (zamani, medieval, biovars ya mashariki) na spishi ndogo za Y. pestis (meza). Tulitumia utofauti wa mfuatano wa nyukleotidi wa jeni zinazosimba sifa tofauti za biokemikali, pamoja na usanisi wa vipengele mbalimbali vya ukuaji ili kubaini uhusiano wa mabadiliko ya aina ya Y. wadudu na kuunda miti ya filojenetiki kwa kutumia programu za kompyuta Mega 4.0, PHYLIP, SplitsTree 4 kwa kutumia matrix ya umbali. mbinu: UPGMA , FitchMargulis uzito miraba wastani, Kitch, Jirani-Kujiunga.

Jedwali. Tabia za maumbile ya aina ya Y. pestis ya aina kuu na ndogo kutoka kwa foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani.

Main p/v Kama ifuatavyo kutoka kwenye Mchoro 7, matumizi ya shabaha zilizochaguliwa za DNA huwezesha kutofautisha kikamilifu aina ya tauni na pseudotuberculosis pathogens, pamoja na mgawanyiko wa ndani wa aina za Y. pestis sio tu kwenye biovars na katika spishi kuu na ndogo ndogo. lakini pia katika spishi ndogo tofauti za pathojeni hii.

Uchambuzi wa data ya phylogenetic unathibitisha dhana iliyoelezwa hapo awali kwamba tawi la kale zaidi la mageuzi ya microbe ya pigo ni aina za aina ndogo za Caucasia, ambazo zina kufanana zaidi kwa maumbile na mtangulizi wake, microbe ya pseudotuberculosis (Mchoro 8).

Aina nyingine ndogo ndogo - Altai, Gissar na Ulega ziko karibu kifilojenetiki na zinaunda tawi lingine la kale la mageuzi ya Y. pestis.

Data yetu inaonyesha kwamba aina za microtus, ambazo watafiti wa China walipendekeza hivi majuzi kuzitambua kama biovar tofauti, ni za kundi la aina za spishi ndogo za Altai na Gissar na ni aina zao.

Kielelezo 7. Dendrograms (programu ya Mega 4.0, mbinu: A - UPGMA na B -Neighbor Joining) ya aina ya Y. pestis kuu (zamani, medieval, mashariki biovars) na ndogo (Caucasian, Altai, Gissar, Ulegey) subspecies, kama pamoja na aina za Y. pseudotuberculosis.

Kielelezo 8. Mpango wa mageuzi ya ndani ya Y. pestis Masomo yaliyofanywa katika kazi hii yanaunda msingi wa maendeleo ya taksonomia ya molekuli ya pathojeni ya tauni, lengo ambalo ni kuunda taksonomia kamili ya ndani ya Y. pestis kulingana na utofauti wa jeni kwa sifa tofauti za kibayolojia na za kibayolojia za microbe ya tauni.

HITIMISHO

1. Kulingana na uchambuzi wa kina wa mali ya biochemical na maumbile ya aina ya asili ya Y. pestis kutoka kwa aina mbalimbali za pigo la asili, ilianzishwa kuwa matatizo ya aina ndogo zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi za jirani ni za biovars za kale na za medieval.

2. Sababu ya kukosekana kwa usemi wa tabia tofauti ya biokemikali - kupunguzwa kwa nitrati katika aina za wadudu wa Y. wa spishi kuu zilizotengwa katika foci ya asili ya tauni nchini Urusi na nchi jirani, ni uwepo wa mabadiliko - uingizwaji wa nucleotide moja. katika jeni la napA la reductase ya periplasmic nitrate, na katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar - kuingizwa kwa nyukleotidi moja katika jeni la ssuA la protini ya usafiri ya periplasmic.

3. Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya kujieleza tofauti ya sifa za fermentation ya melibiosis na uzalishaji wa isocitrate lyase katika matatizo ya aina kuu na ndogo za microbe ya pigo imeanzishwa. Ilionyeshwa kuwa ukosefu wa uwezo wa aina za spishi ndogo kuu kuchachusha disaccharide melibiose ni kwa sababu ya kuingizwa kwa IS285 katika mlolongo wa jeni la muundo wa melB, usimbaji wa galactoside permease. Imeanzishwa kuwa awali ya awali ya isocitrate lyase, tabia ya subspecies kuu ya microbe ya pigo, husababishwa na kuingizwa kwa nucleotides mbili (+CC) kwenye nafasi 269 - 270 za jeni la iclR repressor.

4. Sababu ya arabino-negativity ya aina ya Y. pestis ya spishi ndogo za Altai na Gissar ni mabadiliko katika jeni ya udhibiti wa arabinose operon - araC, ambayo husababishwa na kuingizwa kwa nucleotidi moja ya guanini kwenye nafasi ya 773 ya jeni hii. .

5. Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya Y. pestis ya subspecies ya Caucasian imedhamiriwa. Ilianzishwa kuwa auxotrophy kwa arginine husababishwa na kuanzishwa kwa IS100 kwenye jeni la argA, na kwa phenylalanine - kwa kuingizwa kwa 10 r.n. katika aroG, kwa tyrosine - kwa kuingizwa kwa IS100 katika aro F, kwa vitamini B1 - kwa kufutwa kwa bp 13 katika thiG na kwa kuingizwa kwa thymine katika thiH.

6. Tabia za genotypes kuu (zamani, medieval, biovars ya mashariki) na subspecies ndogo ya pathogen ya pigo iliamua, matumizi ambayo inaruhusu tofauti ya intraspecific ya Y. pestis. Matarajio ya kutumia matokeo yaliyopatikana ili kuunda mpango wa kijeni kwa uainishaji wa ndani wa aina za Y. pestis umeonyeshwa.

ORODHA KAZI ZILIZOCHAPISHWA KULINGANA NA VIFAA VYA TAFSIRI

1. Kukleva L.M., Eroshenko G.A., Kuklev V.E., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Odinokov G.N., Kutyrev V.V. Ulinganisho wa mlolongo kamili wa nyukleotidi ya jeni la rhaS katika aina ya pathojeni ya tauni ya spishi kuu na ndogo // Shida za inf hatari sana. – 2008. – Toleo. 3 (97). – Uk. 38 – 42.

2. Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Vidyayeva N.A., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Kutyrev V.V. Uchambuzi wa kimuundo na wa kiutendaji wa jeni za nap operon huko Yersinia pestis ya spishi ndogo // Shida za inf hatari sana. – 2008. – Toleo. 4 (98). – Uk. 12 – 16.

3. Eroshenko G.A., Kukleva L.M., Vidyayeva N.A., Odinokov G.N., Shavina N.Yu., Kutyrev V.V. Tabia za maumbile ya spishi ndogo za pathojeni ya tauni // Teknolojia za kisasa katika utekelezaji wa mkakati wa kimataifa wa kupambana na magonjwa ya kuambukiza kwenye eneo la nchi wanachama wa Jumuiya ya Madola Huru. Nyenzo za Mkutano wa IX wa Kisayansi na Kitendo wa Nchi Wanachama wa CIS. - Volgograd, 2008. - P. 71 - 73.

4. Eroshenko G.A., Vidyayeva N.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Krasnov Ya.M., Guseva N.M., Kutyrev V.V. Uchambuzi wa kimuundo na utendaji wa jeni la araC katika aina za Yersinia pestis za asili tofauti // Molekul. genetics, microbiol. na virusi. - 2009. - Nambari 3. – Uk. 36 – 40.

5. Kukleva L.M., Odinokov G.N., Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Utofautishaji wa aina za Yersinia pestis za spishi kuu na ndogo kulingana na utofauti wa jeni za rhaS na araC // Mkusanyiko wa nyenzo za Mkutano wa Kimataifa wa VI "Uchunguzi wa Molekuli na Usalama wa Kihai". M., 2009. - P. 124.

6. Eroshenko G.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Shavina N.Yu., Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Kutyrev V.V. Maeneo yanayobadilika ya jeni za napA, aspA, rhaS, zwf na tcaB kama malengo madhubuti ya DNA ya aina za aina za Yersinia pestis // Matatizo ya inf hatari sana. – 2010. – Toleo. 2 (104). – Uk. 57 – 59.

7. Odinokov G.N., Eroshenko G.A. Vipengele vya maumbile ya utofautishaji wa biochemical ya aina ya Yersinia pestis ya spishi kuu na ndogo // Mat.

kisayansi - vitendo shule - conf. wanasayansi vijana na wataalamu Fed. huduma kwa ajili ya usimamizi katika uwanja wa ulinzi wa haki za walaji na ustawi wa binadamu "Teknolojia za kisasa za kuhakikisha usalama wa kibiolojia", Mei 25 - 27, 2010, ukurasa wa 289 - 291.

Fomati 60 x 84 1/16 Karatasi ya uchapishaji ya laser iliyochapishwa kwenye vifaa vya uchapishaji vya Taasisi ya Jimbo la Shirikisho RosNIPCHI "Microbe" ya sayansi ya kimwili na hisabati Saratov 2012 1 Kazi ilifanyika katika taasisi ya elimu ya bajeti ya serikali ya shirikisho ya elimu ya juu ya kitaaluma Jimbo la Orenburg. Chuo Kikuu katika Kituo cha Sayansi na Kielimu cha Fizikia ya Biokemia ya Nanosystems. Msimamizi wa kisayansi: Berdinsky Vitaly Lvovich...”

“KULIKOVSKY MAXIM SERGEEVICH ALGA DATOMU ZA BAADHI YA BOGI ZA SPHAGNUM ZA SEHEMU YA ULAYA YA URUSI 03.00.05 – Botania Muhtasari wa tasnifu ya Mtahiniwa wa Sayansi ya Biolojia St. Petersburg 2007 2 Maji yaliyopewa jina. I.D. Papanin RAS Msimamizi wa Kisayansi, Daktari wa Sayansi ya Biolojia Genkal Sergey Ivanovich Wapinzani rasmi: Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa, Trifonova Irina Sergeevna Daktari wa Sayansi ya Biolojia...

"SILACHEV DENIS NIKOLAEVICH MASOMO YA NEUROPROTECTORS MPYA JUU YA MFANO WA FOCAL BRAIN ISCHEMIA 03.00.13 - fiziolojia Muhtasari wa tasnifu ya shahada ya kisayansi ya mgombea wa sayansi ya kibiolojia Moscow - 2009 Kazi hiyo ilifanywa katika muundo na maabara ya muundo wa maabara. mitochondria ya Taasisi ya Utafiti ya Biolojia ya Fizikia iliyopewa jina la A.N. Chuo Kikuu cha Jimbo la Belozersky Moscow. M.V. Lomonosov (mkuu - Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa D.B. Zorov), katika Kitivo cha Bioengineering na Bioinformatics cha Chuo Kikuu cha Jimbo la Moscow. M.V. Lomonosov (dean -..."

“Muhtasari wa tasnifu ya shahada ya kisayansi ya Daktari wa Sayansi ya Biolojia St. Daktari Sergey Glebovich ... "

"KHALIEVA Anna Sergeevna USHAWISHI WA UWANJA WA sumaku wa IMARA NA Mionzi ya UV JUU YA UKUAJI WA MIMEA YA JUU NA UPYA WAO WA UDONGO KUTOKA KWA METALI NZITO NA BIDHAA ZA PETROLI 02/03/08 - muhtasari wa kisayansi wa kisayansi shahada ya Mgombea wa Sayansi ya Biolojia Penza - 2013 Kazi hiyo ilifanyika katika Taasisi ya Teknolojia ya Engels (tawi) ya Taasisi ya Elimu ya Bajeti ya Jimbo la Shirikisho la Elimu ya Taaluma ya Juu ya Chuo Kikuu cha Ufundi cha Jimbo la Saratov kilichoitwa baada ya Gagarin Yu.A. kwenye…”

"Kalmykova Olga Gennadevna UTARATIBU WA UGAWAJI WA UOTO WA STEPPE WA STEPPE YA BURTINSKAYA (HIFADHI YA JIMBO LA ORENBURG) 03.00.16 - Ekolojia Muhtasari wa tasnifu ya shahada ya kisayansi ya Mgombea wa Sayansi ya Biolojia St. Petersburg - 2008 maabara ya ufuatiliaji wa jiografia na bioanuwai ya Taasisi ya Steppe Urly tawi la Chuo cha Sayansi cha Urusi mkurugenzi wa kisayansi : Daktari wa Sayansi ya Biolojia Safronova Irina Nikolaevna Rasmi..."

“Astafieva Oksana Vitalievna MATUMIZI YA GLYCYRRHIZA GLABRA L., ACHILLEA MICRANTHA WILLD. NA HELICHRYSUM ARENARIUM L. KWA UENDELEZAJI WA BIDHAA ZA KIBAYOLOJIA ZENYE TABIA ZA KUZUIA MGONJWA WA AFYA Taasisi ya Elimu ya Elimu ya Juu ya Taaluma ya Astrakhan...

HOANG THI MINH NGUET Utafiti wa mchakato wa kupata bidhaa za protini na wanga kutoka kwa petal nyeupe ya soya 03.00.23 - bioteknolojia MUHTASARI wa tasnifu ya shahada ya mgombea wa sayansi ya kiufundi Moscow 2009 Kazi ilifanyika katika Idara ya Bioteknolojia ya Chuo Kikuu cha Teknolojia ya Kemikali cha Urusi. DI. Mendeleev. Msimamizi wa kisayansi: Mgombea wa Sayansi ya Kemikali, Profesa Mshiriki Alla Albertovna Krasnoshtanova Wapinzani rasmi: Daktari...”

"NOVOSYOLOV Sergey Vladimirovich Vioksidishaji vipya vya thiol vya mifumo ya thioredoxin na glutaredoxin. Jukumu lao katika udhibiti wa usawa wa redox wa seli 03.00.04 - biokemia 03.00.03 - biolojia ya molekuli MUHTASARI wa tasnifu ya shahada ya Daktari wa Sayansi ya Biolojia Pushchino, 2008 1 Kazi ilifanyika katika Taasisi ya Biofizikia ya Kiini. wa Chuo cha Sayansi cha Urusi, Pushchino na katika Chuo Kikuu cha Nebraska huko Lincoln (UNL), Idara ya Biokemia, Lincoln, Nebraska, Rasmi wa USA..."

"Vinogradova Galina Yuryevna POLYEMBRIYONY KATIKA ALLIUM RAMOSUM L. NA ALLIUM SCHOENOPRASUM L. (FAMILIA ALLIACEAE) 03.00.05 - Muhtasari wa Botany wa tasnifu ya shahada ya mgombea wa sayansi ya kibiolojia St. Petersburg 2009 2 Kazi ya Emb maabara na Biolojia ya Uzazi ya Taasisi ya Urusi ya Taasisi ya Sayansi ya Sayansi ya Taasisi ya Mimea iliyopewa jina lake. V.L. Komarova RAS msimamizi wa Kisayansi Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Mwanachama Sambamba wa RAS Batygina T.B. Rasmi…”

"Volkovich Mark Gabrielevich Mende WA FAMILIA POLYCESTINAE (COLOPTERA, BUPRESTIDAE): MOFOLOJIA, FIFOLOJIA, UAinisho 02/03/05 - entomolojia Muhtasari wa tasnifu ya Shahada ya Udaktari wa Sayansi ya Biolojia012 Kazi ya St. katika maabara ya taksonomia ya wadudu ya taasisi ya bajeti ya serikali ya Shirikisho Taasisi ya Sayansi ya Zoolojia ya Chuo cha Sayansi cha Urusi Wapinzani rasmi: Daktari wa Sayansi ya Baiolojia, Profesa,...”

"Torgashina Irina Gennadevna UTAFITI WA UNYETI WA KITENDAWILI CHA ENZYMATIVE ILIYOHIMIZIKA KWA MAJARIBIO YA KIIKOLOJIA YA BIOLUMINESCENT 03.00.16 - ikolojia MUHTASARI wa tasnifu ya Mtahiniwa wa Sayansi ya Kibiolojia katika Idara ya Sayansi ya Baiolojia ilikamilishwa Krasnoyarsk. Sayansi na Binadamu Taasisi ya Kielimu ya Jimbo la Shirikisho la Elimu ya Taaluma ya Juu ya Siberi chuo kikuu cha shirikisho Msimamizi wa kisayansi: Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa Kratasyuk Valentina Aleksandrovna...”

“MAYER NIKOLAY KONSTANTINOVICH UTUMIAJI WA ALAMA ZA JINSIA ZA MOLEKALI KWA UPINZANI WA KUOTA KWENYE MZIZI KATIKA TRITICALE Umaalumu: 02/03/07 – genetics, 01/03/06 – bioteknolojia (ikiwa ni pamoja na digrii ya kisayansi ya bionanoteknolojia) mgombea wa sayansi ya kibaolojia Moscow 2011 Kazi ilikamilishwa katika Idara ya Jenetiki na Bioteknolojia na katika Kituo cha Sayansi na Kielimu cha Bayoteknolojia ya Molekuli cha Chuo Kikuu cha Kilimo cha Jimbo la Urusi...

“Msimamizi wa kisayansi: Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa Boris Ivanovich Kolupaev Wapinzani rasmi: Daktari wa Sayansi ya Biolojia, PUZATKINA ELENA ALEKSANDROVNA Profesa Sokolina Flyura Mukhametgaleevna; Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa Roza Yakhievna Dyganova Shirika linaloongoza: Chuo Kikuu cha Jimbo la Nizhny Novgorod kilichoitwa baada. Ushawishi wa N.I. Lobachevsky ... "

"Smirnova Lyudmila Olegovna AINA YA KIUMBILE YA OTI KWA UNYETI WA PICHA NA UTUMAJI WA AWALI: 01/06/05 - uteuzi na uzalishaji wa mbegu za mimea ya kilimo, 01/03/05 - fiziolojia na biokemia ya mimea MUHTASARI wa tasnifu ya shahada ya kisayansi. mgombea wa sayansi ya kibiolojia St. St.

"Bezzhonova Oksana Vladimirovna Complexes ya aina ya mbu wanaonyonya damu wa jenasi Anopheles (Diptera, Culicidae) nchini Urusi na nchi jirani Maalum 03.02.05 - entomology na 03.02.07 - genetics MUHTASARI wa tasnifu ya shahada ya kisayansi ya Mgombea wa kisayansi. Sayansi MOSCOW - 2011 Kazi hiyo ilikamilishwa katika Idara ya Biolojia ya Entomolojia Kitivo cha Uchumi Chuo Kikuu cha Jimbo la Moscow kilichoitwa baada ya M.V. Lomonosov na katika maabara jeni za kulinganisha Taasisi za wanyama…”

RAKHIMOV Ilgizar Ilyasovich AVIFAUNA WA MKOA WA KATIKATI WA VOLGA KATIKA MASHARTI YA MABADILIKO YA ANTHROPOGENIC YA Utaalam wa MAZINGIRA ASILI , Kitivo cha Biolojia na Kemia, Mshauri wa Kisayansi wa Chuo Kikuu cha Jimbo la Moscow la Pedagogical State: Daktari wa Sayansi ya Biolojia, Profesa Konstantinov V.M...."

“SALAKHOVA GULNARA MIRZALIFOVNA HUBADILIKA KATIKA VIGEZO VYA IKOLOJIA NA KIFYSIOLOJIA VYA MIMEA NA RHIZOSPHERIC MICROBIOTA CHINI YA MASHARTI YA UCHAFUZI WA MAFUTA NA UREMBO WA UDONGO Umaalumu 03.00.16 - Shahada ya Ekolojia ya Candida ya mimea 103.00. wa Sayansi ya Biolojia Ufa - 2007 Kazi iliyokamilishwa katika idara ya Baiolojia na Baiolojia ya Taasisi ya Kielimu ya Jimbo la Elimu ya Juu ya Kitaalamu Bashkir...

Tasnifu

Odinokov, Georgy Nikolaevich

Shahada ya kitaaluma:

Mgombea wa Sayansi ya Biolojia

Mahali pa utetezi wa nadharia:

Msimbo maalum wa HAC:

03.02.03, 03.02.07

Umaalumu:

Microbiolojia

Idadi ya kurasa:

UTANGULIZI

SURA YA 1. UHAKIKI WA FASIHI

1.1. Mawazo ya kisasa juu ya shirika la genome ya pathogen ya pigo la 15

1.2. Mipango ya uainishaji wa ndani ya Yersinia pestis 28 UTAFITI MWENYEWE

SURA YA 2. VIFAA NA MBINU

2.1. Aina za bakteria zinazotumika katika kazi na hali zao za kilimo 36

2.2. Mbinu za kusoma shughuli za denitrifying, 46 fermentation ya glycerol, arabinose, rhamnose, melibiose, uzalishaji wa isocitralase katika aina za Y. pestis

2.3. Uamuzi wa mahitaji ya lishe ya aina ya Y. pestis

2.4. Kutengwa kwa DNA ya bakteria

2.5. Kufanya majibu ya mnyororo wa polymerase

2.6. Rekodi ya electrophoretic ya matokeo

2.7. Uamuzi wa mlolongo wa nucleotide wa jeni

2.8. Kufanya uchambuzi wa phylogenetic

SURA YA 3. UCHAMBUZI WA TABIA MBALI MBALI MBALIMBALI ZA Y. pestis.

PIGO LENGO

3.1. Sifa za aina za Y. pestis kutoka kwa tauni anuwai ya asili kulingana na sifa za kibayolojia zinazosababisha mgawanyiko katika spishi ndogo na viumbe hai.

3.2. Uamuzi wa mahitaji ya lishe ya aina ya K resNB ya spishi ndogo za Caucasian

SURA YA 4. UAMUZI WA MUUNDO-KAZI 60 SHIRIKA LA JINI LINALOCHANGANUA TABIA ZA BIOKEMIKALI ZINAZOTUMIKA KWA TOFAUTI YA BIOVARS YA SABABU YA TAuni.

4.1. Uamuzi wa shirika la kimuundo na kazi la jeni la jozi 60 za operon na jeni zingine za upunguzaji wa nitrate.

4.2. Uchanganuzi wa kulinganisha wa utofauti wa mfuatano wa nyukleotidi wa jeni za operon ya arabinose katika aina za K. operon

SURA YA 5. UTAMBULISHO WA MABADILIKO KATIKA JINSI 83 TABIA TOFAUTI ZINAZOTUMIKA WAKATI WA KUGAWANYA HILO SABABU KATI YA TABIA KUU NA ISIYO KUU.

5.1. Utambulisho wa mabadiliko katika muundo wa jeni katika aina ya wakala wa causative wa tauni 83 ya spishi kuu na ndogo zinazoweka usimbaji wa melibiosis.

5.2 Uamuzi wa mabadiliko katika jeni za isositrati lyase biosynthesis katika aina za U. periasus

sura ya 6

6.1. Uchanganuzi wa kulinganisha wa kompyuta wa utofauti wa mlolongo wa nyukleotidi wa jeni zinazohusika katika biosynthesis ya arginine.

6.2. Ugunduzi wa mabadiliko katika jeni kwa biosynthesis ya phenylalanine, tyrosine na 101 vitamini B1 (thiamine)

6.3. Utafiti wa hali ya kimuundo na utendaji wa jeni kwa biosynthesis ya arginine, phenylalanine, tyrosine na vitamini B1 (thiamine) katika aina za spishi ndogo za Caucasian.

SURA YA 7. TATHMINI YA MATARAJIO YA DATA ILIYOPATIKANA KWA AJILI YA KUUNDA MFUMO WA KIJINI WA UAINISHAJI MAALUM WA KISABABISHI CHA TAuni.

Utangulizi wa tasnifu (sehemu ya muhtasari) Juu ya mada "Uchambuzi wa maumbile ya sifa za biochemical ya aina ya Yersinia pestis ya spishi kuu na ndogo"

Umuhimu wa tatizo

Tauni ni kitovu cha asili cha zoonotic, haswa ugonjwa hatari wa kuambukiza wa bakteria na njia inayoweza kuambukizwa ya maambukizi ya pathojeni [Cherkassky, 1996]. Tauni inaleta tishio la kweli kwa idadi ya watu kwa sababu ya uwepo wa foci nyingi za asili, 42 ambazo ziko katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani [Onischenko et al., 2004]. Kuna hatari ya pathojeni ya tauni kuletwa nchini Urusi kutoka nchi jirani ambazo hazijaathiriwa na ugonjwa huu, pamoja na matokeo ya vitendo vya kigaidi. Kulingana na WHO, zaidi ya visa 2,000 vya tauni hurekodiwa kila mwaka kote ulimwenguni, nyingi kati yao ni mbaya. Mlipuko mkubwa wa tauni ya nimonia mwaka 2009 ulitokea katika Mkoa unaojiendesha wa Hainan Tibet wa China, ambao pia uliripoti idadi ya vifo. Mambo haya yote yanahitaji kwa haraka maendeleo ya mbinu mpya, zenye ufanisi sana za uchunguzi kulingana na teknolojia za kisasa kwa wakala wa causative wa tauni, njia za kuzuia na matibabu ya ugonjwa hatari unaosababisha.

Uainishaji wa wadudu wa Yersenia uliotumiwa hadi sasa umezingatia tu mali za kimofolojia, kitamaduni, biokemikali na zingine za phenotypic, pamoja na tofauti katika ukali wa aina za pathojeni [Bezsonova, 1928; Berlin A.JL na wenzake, 1938; Tumansky, 1959; Timofeeva, 1972; Kutyrev et al., 1998; Devignat, 1951; Dale et al., 2002; Cobbs et al., 2004; Dennis et al, 2004; Lazaro et al., 2004]. Uainisho kama huo, bila shaka, ulichangia katika uwekaji mfumo wa Y. pestis na kwa ujumla kuakisi uhusiano halisi uliopo wa filojenetiki ndani ya spishi hii. Hayajapoteza umuhimu wao hadi leo na bado yanatumiwa sana katika biolojia ya vitendo.Hata hivyo, maendeleo ya hivi karibuni katika genetics ya kimsingi na microbiolojia ya molekuli hufanya iwezekane kuhamisha suluhisho la matatizo ya kupanga kisababishi cha tauni kwa kiwango kipya cha ubora. kulingana na matumizi ya vipengele vyake vya maumbile ya molekuli.Tafsiri ya uainishaji uliopo wa wakala wa causative wa tauni kwa misingi ya maumbile itaboresha uaminifu, kuegemea na ubora wa utaratibu, na pia kuepuka hasara za asili za mipango ya classical kutokana na kutofautiana kwa sifa za phenotypic za pathojeni Genomu ya bakteria ina muundo wa kihafidhina, unaolindwa dhidi ya mabadiliko ya nasibu na mifumo ya urekebishaji ya DNA, na kwa hivyo mipango ya utofautishaji wa kijeni inategemewa zaidi, inaweza kuzaliana na ina azimio kubwa zaidi ikilinganishwa na uainishaji wa phenotypic unaotumiwa.

Kwa mujibu wa uainishaji wa ndani unaokubalika kwa sasa, aina za pathojeni ya tauni imegawanywa katika aina kuu na 4 ndogo (Caucasian, Altai, Gissar na Ulegei) [Kutyrev et al., 1998]. Kulingana na uainishaji ulioenea wa kigeni, aina za 7. parabens, kulingana na tofauti katika idadi ya mali za biochemical (uwezo wa kuchachusha glycerol, kupunguza nitrati, oxidize amonia) na kwa kanuni ya kihistoria na kijiografia, imegawanywa katika biovars tatu: anpyanaia. (ya kale), tesNeuainz (zama za kati) na openianus. (Mashariki). Kulingana na sifa za phenotypic, aina za spishi kuu zinalingana na biovars tatu (zamani, medieval na mashariki) zilizokubaliwa katika uainishaji wa kigeni. Hata hivyo, aina za pathojeni ya tauni inayozunguka katika tauni ya asili foci c. Shirikisho la Urusi na nchi jirani bado hazijaratibiwa na uhusiano wa biovar.

Kwa upande wa usemi wa sifa muhimu za biochemical tofauti, zinazofanya kazi zaidi ni aina za biovar ya zamani. Wanachachusha glycerol na wana shughuli ya kutofautisha. Matatizo ya biovar U. reese ya enzi za kati hayana uwezo wa kupunguza nitrati, lakini huchacha glycerol na arabinose. Matatizo ya biovar ya mashariki hayachachi glycerol, lakini hupunguza nitrati na kutumia arabinose.

Sababu za kijeni za usemi tofauti wa sifa za kibiokemikali zinazotumiwa katika kugawanya aina za Y. wadudu kwenye biovari bado hazijasomwa vya kutosha hadi sasa. Kuna idadi ndogo ya machapisho juu ya suala hili katika fasihi. Kitu pekee ambacho kimethibitishwa kwa uhakika ni kwamba sababu ya kukosekana kwa uchachushaji wa glycerol katika aina za biovar ya mashariki ni mabadiliko katika jeni ya glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). Ilionyeshwa kuwa aina zote za biovar ya mashariki zina ufutaji wa 93 bp katika jeni hili. . Kuna data inayokinzana kuhusu mabadiliko katika jeni ambayo huamua sifa nyingine za kibayolojia zinazotumiwa katika upambanuzi wa biovari.

Mgawanyiko wa wadudu wadudu Y. katika spishi ndogo kulingana na uainishaji uliopitishwa mnamo 1985 katika Mkutano wa Muungano wa All-Union juu ya Taxonomy ya Microbe ya Tauni unategemea shughuli zisizo sawa za biokemikali ya aina, tofauti zao katika ukali kuhusiana na wanyama wa maabara na. maeneo tofauti ya mazingira-kijiografia [ Kutyrev, Protsenko, 1998; Anisimov et al., 2004]. Aina za spishi ndogo, kama sheria, ni hatari sana na zina umuhimu mkubwa wa janga. Hazichachi rhamnose na melibiose, sio nyeti kwa wadudu I, na wana kiwango cha juu cha uzalishaji wa isocitralase. Aina ndogo za spishi ndogo huchacha rhamnose na melibiose, ni nyeti kwa wadudu I, hazionyeshi shughuli ya isositrati-lyase, ni hatari kwa wanyama wa maabara kwa kuchagua, na hazina umuhimu mdogo wa janga.

Msingi wa maumbile wa shughuli tofauti za biokemikali ya aina zinazosababisha tauni ya spishi ndogo tofauti haujasomwa. Nje ya nchi, suala hili limesomwa kidogo kutokana na kutokuwepo kwa makusanyo ya kigeni ya aina ndogo za aina ndogo, ambazo zinasambazwa hasa katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani. KATIKA Fasihi ya Kirusi Kuna kazi chache tu za kuamua tofauti katika muundo wa jeni, genetics ya subspecies kuu na ndogo; usimbaji upunguzaji wa nitrati na uchachushaji wa rhamnose [Eroshenko et al., 2008; Kukleva et al., 2008, 2009]. Matatizo ya pathojeni ya tauni ya spishi ndogo kuu na ndogo zinazozunguka nchini Urusi na nchi jirani hubakia bila kusoma katika suala la muundo wa jeni zinazohusika katika upunguzaji wa nitrati, Fermentation ya glycerol, arabinose, melibiose, isocitrate lyase na sifa zingine muhimu kwa uainishaji. Sababu ya kutofautiana kwa aina ya microbe ya tauni katika suala la mahitaji ya lishe haijaanzishwa. Matatizo kutoka kwa tauni tofauti za asili zina mahitaji tofauti ya lishe, yanayoamuliwa na usumbufu katika jeni za kimetaboliki ya kati, ambayo inaweza kutumika katika mpango wa kijeni kwa utofautishaji wa matatizo ¥. kuongezeka kutoka kwa tauni anuwai ya asili.

Utambulisho wa mabadiliko katika muundo wa jeni ambao unasisitiza usemi tofauti wa sifa za kibaolojia na biochemical utatumika kama msingi wa kuaminika wa kuunda mpango wa maumbile wa kuainisha aina za pathojeni ya pigo, na pia kwa kuamua mwelekeo kuu wa mageuzi ya ndani ya U. pechnia.

Lengo la kazi. Uamuzi wa msingi wa kijeni kwa usemi tofauti wa sifa za kibayolojia zinazotumiwa kugawanya aina za pathojeni ya tauni katika spishi ndogo na viumbe hai.

Malengo ya utafiti:

1. Tabia ya aina ya G. resiz kutumika katika kazi, pekee katika foci ya asili ya tauni katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kulingana na mali zao za biochemical (kupunguza nitrati, uzalishaji wa iso-citrate lyase, fermentation ya arabinose na melibiose. ), ambayo ndiyo msingi wa mgawanyiko katika spishi ndogo na viumbe hai. Ili kujua ikiwa aina zinazozunguka nchini Urusi na nchi jirani ni za biovars fulani.

2. Jifunze muundo na shirika la utendaji wa jeni za usimbaji sifa tofauti zinazotumiwa katika mgawanyiko katika biovars - upunguzaji wa nitrate na uchachushaji wa arabinose.

3. Kutambua mabadiliko katika jeni za U. ribbi, ambayo huamua fermentation ya melibiose na uzalishaji wa isocitrate lyase, ambayo ni msingi wa utofautishaji wa spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni.

4. Kuamua mahitaji ya lishe ya aina ya U. rhenium ya subspecies ya Caucasian na kuanzisha msingi wa maumbile ya auxotrophy yao.

5. Tathmini matarajio ya kutumia matokeo yaliyopatikana ili kuunda mpango wa maumbile kwa uainishaji wa intraspecific wa aina za U. paratilis na kuanzisha maelekezo kuu ya mageuzi ya intraspecific ya pathojeni hii.

Riwaya ya kisayansi ya kazi hiyo. Kulingana na data kutoka kwa uchambuzi wa kina wa microbiological, biochemical na maumbile, ilianzishwa kuwa matatizo ya pathogen ya pigo inayozunguka katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni ya biovars ya kale na ya medieval.

Ilionyeshwa kwa mara ya kwanza kwamba sababu ya ukosefu wa shughuli za kupunguza nitrati katika aina fulani za spishi kuu zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni uwepo wa uingizwaji wa nucleotide O na T katika nafasi ya 613 ya periplasmic. jeni la nitrati reductase - jozi A, ambayo inathibitisha kwamba aina hizi ni za kipindi cha kati. Ukosefu wa usemi wa sifa hii katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar husababishwa na kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymine (+T) katika nafasi ya 302 ya jeni lingine - jeni ambalo husababisha kuhama kwa sura ya usomaji na usumbufu wa jeni. muundo wa encoded usafiri protini -8 eA, pia kushiriki katika kupunguza nitrati.

Kwa mara ya kwanza, ilianzishwa kuwa kukosekana kwa uchachushaji wa arabinose katika aina za U. resia ya spishi ndogo za Altai na Gissar kunahusishwa na kuwepo kwa mabadiliko katika jeni la udhibiti, arabinose operon - agaC, ambayo ina uingizaji wa nukleotidi ya guanini (+b) katika nafasi ya 773 tangu mwanzo wa jeni, na kusababisha mabadiliko katika sura ya usomaji na usumbufu wa muundo wa protini ya AgaC ya udhibiti, ambayo ni muhimu kwa ajili ya kuanzisha unukuzi wa jeni za arabinose. operon.

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile wa uzalishaji tofauti wa iso-citrate lyase katika aina ya pathojeni ya tauni ya spishi kuu na ndogo imeanzishwa, ambayo inahusishwa na kuwepo kwa kuingizwa kwa nucleotides mbili (+CC) katika jeni la udhibiti ShK. katika nafasi ya 269-270, ambayo inasababisha kutofanya kazi kwa acetate operon repressor protini IcIR iliyosimbwa nayo na ndio sababu ya usanisi wa kimeng'enya cha isocitrate lyase katika aina za spishi ndogo kuu. Aina za spishi ndogo zina jeni isiyobadilika ya iIII na hazina uwezo wa kujumuisha usanisi wa isocitralase.

Ilionyeshwa kuwa kutokuwepo kwa fermentation ya melibiose katika 7. aina ya resin ya aina ndogo ndogo ni kutokana na kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingizwa 18255 katika gene1B, kusimba enzyme ya galactoside permease. Katika aina za spishi ndogo ndogo, kuingizwa 1B255 katika jeni te1B haipo.

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya aina ndogo ya Caucasia imetambuliwa, ambayo inahusishwa na kuanzishwa kwa mlolongo wa uingizaji 1$>100 kwenye jeni a^A na agora, uingizaji wa 10 bp. kwenye jeni agoO, kwa kuingiza nyukleotidi ya thymine kwenye jeni la d/Ru kwa kufuta 13 bp. katika jeni la gcJ.

Matokeo ya sifa za molekuli ya aina za U. paratilis za spishi ndogo ndogo na kuu kulingana na jeni zinazosimba sifa za kibayolojia zinazosababisha mgawanyiko katika spishi ndogo na viumbe hai hutengeneza msingi wa ukuzaji wa mpango wa kijeni kwa uainishaji wa ndani wa pathojeni ya tauni.

Kulingana na matokeo ya kazi, maombi ya uvumbuzi "Njia ya kuamua ushirika wa spishi ndogo za aina za pathojeni ya tauni kwa kutumia njia ya mpangilio" yaliwasilishwa (Na. 2009116913. Kipaumbele cha Mei 14, 2009. Uamuzi mzuri ulipokelewa kutoa a. patent) na “Mbinu ya upambanuzi wa spishi ndogo za aina za Yersinia pestis kwa kutumia mbinu ya mpangilio wa multilocus - kuchapa (Na. 2009146094. Kipaumbele cha tarehe 12/11/2009).

Umuhimu wa vitendo wa kazi. Kulingana na matokeo ya kazi hiyo, mapendekezo ya kimbinu yalitolewa na kuidhinishwa "Uamuzi wa aina ndogo za pathojeni ya tauni kulingana na mpangilio wa jeni za rhaS na agaC zinazodhibiti uchachushaji wa rhamnose na arabinose" (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIPCI "Microbe". Itifaki ya 6 ya Juni 16, 2009) na "Uamuzi wa aina ndogo za Yersinia pestis aina kwa kutumia uchapaji wa mfululizo wa multilocus (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIPCI "Microbe". Itifaki Na. 1 ya Februari 23, 2010).

Matatizo matatu yamewekwa kwenye Mkusanyiko wa Jimbo wa Bakteria Pathogenic: Y. pestis KM 910 ya Altai, KM 596 ya Gissar na KM 1861 ya spishi ndogo za Ulegei kama aina za marejeleo za spishi hizi ndogo.

Data juu ya shirika la kijeni la aina za wadudu wa Y. zilizopatikana wakati wa utafiti hutumika wakati wa kutoa mihadhara juu ya somo " Jenetiki ya pathojeni ya tauni"katika kozi za utaalam juu ya maambukizo hatari sana huko RosNIPCI "Microbe" na kozi za juu za mafunzo ya programu ya juu ya madaktari katika "bacteriology" maalum huko RosNIPCHI "Microbe".

Masharti ya ulinzi:

2. Msingi wa udhihirisho tofauti na sifa za biokemikali zinazotumiwa wakati wa kugawanya aina za Y. pestis katika spishi ndogo na biovars ni aina tofauti za mabadiliko katika jeni zinazosimba sifa hizi. Ukosefu wa uwezo wa kupunguza nitrati katika aina za spishi kuu za biovar ya enzi ya kati unahusishwa na uwepo wa mabadiliko yasiyo na maana (G T) katika jeni la paraA la reductase ya nitrati ya periplasmic, na katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar - na kuingizwa kwa nyukleotidi moja kwenye jeni la ssuA la protini ya usafirishaji ya periplasmic SsuA. Kutokuwepo kwa uchachushaji wa arabinose katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar ni kutokana na kuingizwa kwa nukleotidi ya guanini kwenye mlolongo wa jeni la agaC.

3. Shughuli tofauti za biokemikali ya aina za spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni kulingana na idadi ya sifa tofauti husababishwa na kupunguzwa kwa jeni zinazoziweka katika aina ndogo kuu na intactness yao katika aina ndogo ndogo. Kutokuwepo kwa uchachushaji wa melibiose na aina za spishi ndogo kuu ni kwa sababu ya kuanzishwa kwa IS2S5 kwenye jeni la melB galactoside permease, na usanisi wa isocitrate lyase katika aina za spishi hii ndogo ni kwa sababu ya kuingizwa kwa nyukleotidi mbili (CC) kwenye mlolongo wa jeni udhibiti iclR. Aina za spishi ndogo zina jeni zisizobadilika za melB na iclR.

4. Sababu ya mahitaji mengi ya lishe ya aina ya Y. pestis ya jamii ndogo ya Caucasian ni kutofanya kazi kwa idadi ya jeni kwa biosynthesis ya amino asidi na vitamini. Utegemezi wa aina za spishi hii ndogo kwa arginine husababishwa na kuingizwa 100 katika jeni la argA, na kwa phenylalanine - kwa kuingizwa kwa 10 bp. katika jeni ya aroG, kwa tyrosine - kwa kuanzisha IS100 kwenye jeni ya aroF, kwa thiamine (B]) kwa kufuta 13 bp. - kwenye jeni la thiG na kuingizwa kwa nyukleotidi moja kwenye thiH. Kulingana na tata nzima ya mabadiliko yaliyotambuliwa kwa aina ya Caucasian na spishi ndogo nyingine, pamoja na biovars ya pathojeni ya tauni, genotypes ya tabia iliamuliwa ambayo inaweza kutumika kuunda mpango wa maumbile, uainishaji wa intraspecific wa Y. pestis.

Uidhinishaji wa kazi. Nyenzo za tasnifu ziliwasilishwa na kujadiliwa katika Mkutano wa IX wa Kisayansi na Vitendo wa Nchi Wanachama wa CIS "Teknolojia za kisasa katika utekelezaji wa mkakati wa kimataifa wa kupambana na magonjwa ya kuambukiza kwenye eneo la nchi wanachama wa Jumuiya ya Madola Huru", Volgograd. , 2008; Mkutano wa Kimataifa wa VI" Uchunguzi wa molekuli na usalama wa viumbe", M., 2009; mkutano wa kisayansi na wa vitendo wa shule ya wanasayansi wachanga na wataalamu wa Huduma ya Shirikisho ya Usimamizi wa Ulinzi wa Haki za Mtumiaji na Ustawi wa Kibinadamu " Teknolojia za kisasa za kuhakikisha usalama wa kibaolojia", Mei 25 - 27, 2010; katika mikutano ya mwisho ya kila mwaka ya RosNIPCI "Microbe", Saratov 2008 - 2010.

Machapisho. Kazi 7 zilizochapishwa juu ya mada ya tasnifu hiyo zimechapishwa, 4 kati yao katika majarida kutoka kwa "Orodha ya majarida ya kisayansi yaliyopitiwa na rika yaliyopendekezwa na Tume ya Uthibitisho ya Juu ya Wizara ya Elimu na Sayansi ya Urusi." Hati miliki mbili za uvumbuzi zimetolewa " Njia ya utofautishaji wa spishi ndogo za aina za pathojeni kwa kutumia njia ya mpangilio"(No. 2009116913. Kipaumbele cha tarehe 05/14/2009. Uamuzi chanya juu ya utoaji wa hataza ulipokelewa) na "Njia ya upambanuzi wa spishi ndogo za aina za Yersinia pestis kwa kutumia mbinu ya uchapaji wa mlolongo wa multilocus" (Na. 209414 Priority6914 Priority6914. tarehe 12/11/2009).

Muundo na upeo wa tasnifu. Tasnifu hii imewasilishwa katika kurasa 156 za maandishi yaliyoandikwa kwa chapa, ina utangulizi, sura ya mapitio ya fasihi, sura tano za utafiti wake mwenyewe, hitimisho na hitimisho. Kazi hiyo inaonyeshwa na meza 11 na michoro 34. Fahirisi ya biblia ina vyanzo 203 vya ndani na nje ya nchi.

Hitimisho la tasnifu juu ya mada "Microbiology", Odinokov, Georgy Nikolaevich

1. Kulingana na uchambuzi wa kina wa mali ya biochemical na maumbile ya aina ya Y wadudu kutoka kwa aina mbalimbali za pigo la asili, ilianzishwa kuwa matatizo ya aina kuu zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni za biovars za kale na za medieval.

2. Sababu ya kukosekana kwa usemi wa tabia tofauti ya biokemikali - kupunguza nitrati katika aina za wadudu wa Y. wa spishi kuu zilizotengwa katika foci ya asili ya tauni nchini Urusi na nchi jirani, ni uwepo wa mabadiliko - uingizwaji wa nucleotide moja. katika jeni la paraA la reductase ya nitrate ya periplasmic, na katika spishi ndogo za Altai na Gissar - kuingizwa kwa nyukleotidi moja katika jeni la ssuA la protini ya usafiri wa periplasmic.

3. Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya kujieleza tofauti ya sifa za fermentation ya melibiosis na uzalishaji wa isocitrate lyase katika matatizo ya aina kuu na ndogo za microbe ya pigo imeanzishwa. Ilionyeshwa kuwa ukosefu wa uwezo wa aina za spishi ndogo kuu kuchachusha disaccharide melibiose ni kwa sababu ya kuingizwa kwa IS2&5 katika mlolongo wa jeni la muundo wa melB, usimbaji wa galactoside permease. Imeanzishwa kuwa muundo wa awali wa lyase ya isocitrate, tabia ya spishi ndogo za microbe ya tauni, husababishwa na kuingizwa kwa nucleotides mbili (+CC) kwenye nafasi 269 - 270 za jeni la iclR repressor.

4. Sababu ya arabino-negativity ya aina za wadudu wa spishi ndogo za Altai na Gissar ni mabadiliko katika jeni la udhibiti wa arabinose operon - agaC, ambayo husababishwa na kuingizwa kwa nucleotide moja ya guanine kwenye nafasi ya 773 ya jeni hili. .

5. Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya Y. pestis ya subspecies ya Caucasian imedhamiriwa. Ilianzishwa kuwa auxotrophy kwa arginine ni kutokana na kuanzishwa kwa IS 100 kwenye jeni la argA, na kwa phenylalanine - kuingizwa kwa 10 r.n. katika aroG, kwa tyrosine - kwa kuingizwa kwa IS 100 katika aro F, kwa vitamini Bi - kwa kufuta 13 bp katika thiG na kwa kuingiza thymine katika thiH.

HITIMISHO

Kwa zaidi ya miaka mia moja ya historia kujifunza wakala wa causative wa tauni baada ya ugunduzi wake mwaka wa 1894 na A. Yersen na S. Kitazato, mipango mbalimbali ya uainishaji wa Y. pestis ilipendekezwa mara kwa mara, ambayo ilitokana na maonyesho tofauti ya microbiological, biochemical na mali nyingine za phenotypic. Uainishaji uliopendekezwa hakika uliendana na kiwango hicho cha maarifa na mbinu mbinu, ambayo watafiti walikuwa nayo. Kwa hivyo mnamo 1928 A.A. Bezsonova, aina zote za Y. pestis ziligawanywa katika vikundi viwili kulingana na uwezo wao wa kuchachusha glycerol: glycerin-hasi na glycerin-chanya. Mnamo 1938 A.L. Berlin na A.K. Borzenkov aligawanya aina za pathojeni ya tauni katika mbio za bahari na bara. R. Devignat mnamo 1951, kwa kuzingatia idadi ya sifa za biokemikali (uwezo tofauti wa kutofautisha na uchachushaji wa glycerol) na sifa za asili ya mazingira-kijiografia, alipendekeza kugawanywa kwa aina za wadudu wa Y. katika vikundi vitatu, ambavyo kwa sasa vimeteuliwa kama biovars ya pigo microbe: kale, medieval na mashariki. Mnamo mwaka wa 1985, katika Mkutano wa Umoja wa All-Union juu ya Taxonomy ya Microbe ya Tauni, mpango wa utaratibu wa umoja wa kategoria za spishi ndogo za pathojeni ya tauni ulipitishwa, kwa kuzingatia sifa za phenotypic, uhasama katika uhusiano na wanyama wa maabara, na eneo la usambazaji. Matatizo ya microbe ya tauni inayozunguka katika nchi za CIS na Mongolia iligawanywa katika aina ndogo tano: kuu, Caucasian, Altai, Gissar, Ulegey (Timofeeva 1972; Kutyrev, Protsenko, 1985).

Mipango yote iliyopendekezwa, bila shaka, ilikuwa muhimu kwa watafiti na ilichangia katika uwekaji mfumo wa Y. wadudu, na wengi wao (mgawanyiko katika spishi ndogo na biovars) hutumiwa sana wakati huu. Walakini, maendeleo ya haraka ya teknolojia za kisasa za baiolojia ya Masi, mpangilio wa genome kamili za Yersinia ya pathogenic hufanya iwezekanavyo kutatua shida ya kuboresha uainishaji wa ndani wa pathojeni ya tauni katika kiwango cha kisasa cha maumbile ya Masi, kwa kuzingatia genomics ya kulinganisha ya pathojeni ya tauni. matatizo. Tafsiri ya mipango iliyopo ya uainishaji tofauti ya pathojeni hii kwa kiwango cha maumbile itaongeza azimio, ufanisi na kuegemea kwao, na pia kuboresha ubora wa utaratibu wa spishi za Y. wadudu.

Msingi wa kijeni wa shughuli tofauti za kibayolojia za aina za pathojeni za tauni za spishi ndogo tofauti bado haujagunduliwa. Kasoro za kimaumbile pekee ndizo zimetambuliwa katika jeni zinazotumika kwa mgawanyiko wa ndani wa Y. pestis. Kwa hivyo, imeonyeshwa kuwa katika aina za spishi kuu za biovar ya medieval, ukosefu wa uwezo wa kupunguza nitrati unahusishwa na uwepo wa mabadiliko katika jeni la miundo ya jozi L ya periplasmic nitrate reductase, muhimu kwa udhihirisho wa sifa hii, na kutokuwa na uwezo wa aina za biovar ya mashariki (tatizo hasi za glycerol-hasi au mbio za bahari) kuchachusha glycerol kunakosababishwa na kufutwa kwa gene ya glpD ya glycerol-3-phosphate dehydrogenase. Ushahidi umepatikana kwamba sababu ya rhamnose-hasi ya aina zote zilizosomwa za spishi ndogo kuu ni uwepo wa uingizwaji usio na jina wa nyukleotidi moja katika jeni la udhibiti wa rhaS ya operon ya rhamnose [Kukleva et al., 2008; 2009]. Kuhusu jeni zingine zinazoamua sifa muhimu za biokemia, kuna habari zinazopingana kabisa au data inakosekana. Aina za Y. wadudu wa spishi kuu na ndogo ambazo zinaendelea katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani hazijasomwa kwa jeni za sifa tofauti za biochemical. Kusoma shirika la kijeni la aina mbalimbali za spishi ndogo ambazo ziko katika hatua tofauti za mabadiliko ya Y. pestis ni kazi muhimu, kwani itafanya iwezekanavyo kuamua mabadiliko hayo ya genome ya pathojeni ambayo yalisababisha kuundwa kwa ugonjwa hatari sana. bakteria Y. wadudu.

Ili kuanzisha msingi wa kijeni kwa usemi tofauti wa sifa za kibayolojia zinazotumika katika kugawanya aina za pathojeni ya tauni kuwa spishi ndogo na viumbe hai, tulitumia njia za kitamaduni za kibaolojia na biokemikali na njia za kisasa za baiolojia ya molekuli - polymerase. mmenyuko wa mnyororo, mpangilio, na pia mbinu za bioinformatics. Rasilimali za mtandao zilitumika - NGBI GenBank, KEGG Metabolic Pathways, PF AM, hifadhidata za Modeller na programu za kompyuta zilitumika: Mega 4.0 na PHYLIP na mbinu za matrix ya umbali.

Ili kuanzisha msingi wa kijeni kwa usemi tofauti wa sifa za biokemikali zinazotumiwa kugawanya aina za pathojeni ya tauni katika spishi ndogo na viumbe hai, algorithm ya uchambuzi wa jumla ilitumiwa. Katika hatua ya kwanza, usemi wa sifa ya microbiological au biochemical chini ya utafiti katika matatizo ya asili ya Y. pestis ilisomwa. Usemi wa sifa muhimu tofauti (kupunguza nitrati, uchachushaji wa arabinose, melibiosis, uzalishaji wa isocitrate lyase) ulichunguzwa kwa idadi kubwa (karibu mia moja) aina za Y. wadudu kutoka kwa foci mbalimbali za asili za tauni.

Wakati huo huo, kwa kutumia uchanganuzi wa kompyuta wa aina Y. pestis KIM (biovar ya kati), C092 (biovar ya mashariki), Antiqua, Angola, Ne-pa1516 (biovar ya kale), 91001 (microtus biovar), Pestoides F (spishi ndogo ya Caucasian) na Y. pseudotuberculosis PB1 /+, IP32953, IP31758, YPIII, nukleotidi kamili ambazo jenomu zake zimewasilishwa kwenye hifadhidata ya NCBI GenBank, tuligundua maeneo tofauti ya jeni ambayo bidhaa zake, kwa mujibu wa Njia za Kimetaboliki za KEGG na hifadhidata za PF AM, zinahusika katika usemi huo. ya sifa hii. Primers ziliundwa kwa maeneo tofauti ya jeni ambayo labda ndiyo sababu ya kutokuwepo kwa udhihirisho wa phenotypic wa sifa, kwa msaada wa vipande vya jeni vinavyobadilika vilikuzwa katika PCR katika aina mbalimbali za asili za wakala wa causative wa tauni. Kulingana na kulinganisha kwa mlolongo wa nucleotide ya jeni katika matatizo ambayo hutofautiana katika kujieleza kwa sifa iliyojifunza, mabadiliko yaligunduliwa ambayo yalisababisha kutokuwepo kwa sifa hii.

Kwa kutumia algorithm hii, tulisoma shirika la kimuundo na kazi la jeni, bidhaa ambazo zinahusika katika udhihirisho wa sifa tofauti ambazo zina msingi wa mgawanyiko wa Y. pestis aina katika biovars - kupunguza nitrati na fermentation ya arabinose. Uchunguzi wa kompyuta wa kulinganisha wa jeni. jozi zilifanywa operon, pamoja na jeni za pagP na ssuA - udhibiti (NarP) na usafiri (SsuA) protini zinazohusika katika kupunguza nitrati, katika matatizo yaliyotolewa katika hifadhidata ya NCBI GenBank, na pia kwa idadi kubwa (kuhusu mia) aina za asili za Y. wadudu na spishi ndogo zilizotengwa katika foci mbalimbali za tauni za asili katika Shirikisho la Urusi, karibu na mbali nje ya nchi.

Imeanzishwa kuwa sababu ya ukosefu wa uwezo wa kutofautisha katika aina fulani za spishi ndogo kuu ni uwepo wa uingizwaji mmoja wa nyukleotidi G hadi T katika nafasi ya 613 ya jozi ya jeni A, ikisimba protini - periplasmic nitrate reductase. Sababu ya kutoweza kupunguza nitrati na aina ya spishi ndogo za Altai na Gissar ni tofauti na inahusishwa na uwepo wa mabadiliko katika jeni la protini ya usafirishaji - ssuA, ambayo katika aina hizi katika nafasi ya 302 ina uwekaji wa nyukleotidi moja (+T). ) Takwimu zilizopatikana, pamoja na sifa za biochemical ya aina (uwezo wa kupunguza nitrati, Fermentation ya arabinose na glycerol), ilituruhusu kuhitimisha kwamba aina za biovars za zamani na za zamani huzunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, wakati aina za biovar ya mashariki hugunduliwa tu kati ya aina kutoka nchi za kigeni.

Inavyoonekana, sababu ya kukosekana kwa shughuli ya kupunguza nitrati katika aina za biovar ya microtus ni mabadiliko sawa na katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar - kuingizwa kwa nyukleotidi moja kwenye jeni la ssu. Tumegundua kwamba mabadiliko katika joziA jeni - kuingizwa kwa jozi moja ya jeni katika nafasi ya 1021 hakuwezi kuwa sababu ya kukosekana kwa udhihirisho wa sifa hiyo katika aina za microtus [kama ilivyopendekezwa na D. Zhou et al., 2004] , kwa kuwa sisi pia tuliitambua katika matatizo ya aina ndogo za Caucasian, na pia katika matatizo ya pseudotuberculosis 7, ambayo hupunguza nitrati. "

Kwa mara ya kwanza, uchambuzi wa kimuundo na utendaji wa jeni za opereni ya arabinose ulifanyika katika idadi kubwa ya aina ya asili ya wakala wa causative wa tauni, na mlolongo kamili wa nyukleotidi ya jeni la agaC ya udhibiti, inayohusika katika udhibiti wa usemi wa Fermentation ya arabinose, imedhamiriwa. Imeanzishwa kuwa sababu ya kutokuwepo kwa sifa hii katika subspecies ya Altai na Gissar ni kuwepo kwa uingizaji wa nucleotide moja katika jeni la agaC kwenye nafasi ya 773 tangu mwanzo wa jeni. Matatizo ya spishi ndogo kuu, za Caucasian na Ulegay hazina mabadiliko kama hayo, ambayo yanahusiana na uwezo wao wa kuchachusha arabinose.

Utafiti ulifanywa kuhusu muundo wa jeni zinazosimba uchachushaji wa melibiose na utengenezaji wa lyase ya isocitrate, ambayo hutumiwa katika kugawanya aina za Y. pestis katika spishi kuu na ndogo. Hapo awali, uamuzi wa maumbile ya udhihirisho tofauti wa mali hizi katika matatizo ya aina kuu na zisizo kuu haujasomwa. Hakuna data juu ya suala hili kwenye fasihi.

Uchambuzi wa kompyuta wa kulinganisha wa mlolongo wa nyukleotidi wa jeni za uchachushaji wa melibiose (melA, melB na melR) katika Y. pestis na 7. Matatizo ya pseudotuberculosis iliyotolewa katika hifadhidata ya NCBI GenBank ilionyesha uwepo katika jeni la melB (1232 bp), ambayo huamua usanisi. ya galactoside permease, kuingizwa kwa mlolongo wa uingizaji wa IS2&5 (1322 bp) baada ya 73 bp. katika tauni pathogen4 aina C092, KIM, Antiqua, Nepal516. Katika aina zingine za 7 pestis Angola, 91001, Pestoides F, na katika aina zote za pseudotuberculosis 7, muundo wa jeni wa melB ulipatikana. Katika uchanganuzi wa PCR kwa kutumia vianzio vilivyokokotwa pembezoni mwa eneo la kuingiza IS2SJ, vipande maalum vya jeni la melB vilipatikana kutoka kwa idadi kubwa ya aina za asili za pathojeni ya tauni. Katika aina 7 za wadudu zilizosomwa za spishi ndogo zisizo kuu - Caucasian, Altai, Gissar na Ulegei - PCR ilitoa nyongeza za 325 bp kwa saizi, ambayo inalingana na muundo thabiti wa jeni la melB. Kinyume chake, katika aina za spishi ndogo ndogo vipande vilikuwa na ukubwa mkubwa wa 1648 bp, ambayo ilionyesha kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingizwa kwenye jeni hili na kuhusishwa na ukosefu wao wa shughuli za enzymatic dhidi ya melibiose. Kwa hivyo, kwa mara ya kwanza tumeanzisha sababu ya maumbile; usemi tofauti wa kipengele cha kutofautisha - Fermentation ya melibiose katika aina ya pathojeni ya tauni ya spishi kuu na ndogo, ambayo inahusishwa na ukiukaji wa muundo wa jeni la melB katika aina za spishi kuu kwa sababu ya kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingizwa. IS2&5.

Ili kutofautisha aina za Y. pestis za spishi ndogo kuu kutoka kwa zile zisizo kuu na wakala wa causative wa pseudotuberculosis, uwezo wao wa kuunganisha enzyme ya isocitrate lyase hutumiwa. Uchambuzi wa kompyuta wa kulinganisha wa mfuatano wa nyukleotidi wa jeni za opereni ya acetate (aceA, aceB, aceK, iclR) katika aina za G. pestis na Y. pseudotuberculosis iliyotolewa katika hifadhidata ya NCBI GenBank ilionyesha kuwepo kwa kuingizwa kwa nyukleotidi mbili katika iclR ( ukubwa wa jeni 843 bp) (+CC) katika nafasi ya 269-270 tangu mwanzo wa jeni katika aina za Y. pestis C092, KIM, Antiqua, Nepal516. Kinyume chake, aina nyinginezo za microbe ya tauni Angola, 91001, Pestoides F na aina zote za pseudotuberculosis zina muundo thabiti wa jeni iclR. Mpangilio wa eneo la kutofautiana la jeni la iclR, uliofanywa na sisi katika aina za asili za Y. pestis, ulifunua uwepo wa mabadiliko sawa katika aina za aina kuu za Y. pestis - kuingizwa kwa nucleotides mbili (+CC) katika nafasi 269 - 270, tofauti na spishi ndogo ambazo muundo wa jeni hili ni thabiti. Mabadiliko yaliyotambuliwa husababisha kuamilishwa kwa jeni na usumbufu wa muundo (na utendakazi) wa protini kikandamizaji ya opereni ya acetate IclR, inayohusishwa na upotevu wa mwisho wa C-terminal ya kikoa (148 - 271 aa) ambayo hufunga molekuli ya kichochezi. . Hii inasababisha kujieleza kwa uundaji wa jeni za opereni ya acetate na kuunganishwa na shughuli ya juu ya kimeng'enya cha isocitrate lyase katika aina za spishi ndogo za Y. pestis.

Hapo awali, ilipendekezwa kuwa aina za kale zaidi za microbe ya tauni ni aina za spishi ndogo za Caucasian [Bobrov, Fillipov, 1997; Kukleva et al., 2002]. Utafiti wao ni wa kupendeza sana, kwani huturuhusu kuamua hatua hizo mabadiliko ya mageuzi jenomu, ambayo ilisababisha mabadiliko ya bakteria ya saprophytic enteropathogenic - microbe ya pseudotuberculosis - kuwa pathojeni ya utaratibu yenye virusi na utaratibu tofauti wa maambukizi ya pathojeni. Matokeo yetu yanaonyesha kuwa spishi ndogo za Caucasia ndizo zinazofanya kazi zaidi kulingana na sifa tofauti za biokemikali na zina jeni zisizobadilika (paraA, ssuA, glpD, araC, melB, iclR), kama vile kisababishi cha pseudotuberculosis. Hii inathibitisha ukaribu zaidi wa spishi ndogo za Caucasia kwa mtangulizi wake, Y. pseudotuberculosis, ikilinganishwa na aina nyingine ndogo za Y. pestis.

Pia tulitekeleza masomo ya microbiological kujifunza mahitaji ya lishe ya aina ya Y. pestis ya subspecies ya Caucasian, kwa kuwa kulikuwa na taarifa zinazopingana juu ya suala hili katika maandiko. Ilianzishwa kuwa aina zote zilizosomwa za spishi ndogo za Caucasia zilitenda sawa. Wamegundua hitaji la amino asidi mbili zenye kunukia - phenylalanine na tyrosine, pamoja na asidi ya amino arginine na vitamini Bi (thiamine). Mbali na mahitaji ya arginine, phenylalanine, tyrosine, na vitamini B1, aina kutoka kwa tauni ya Mashariki ya Caucasian ya mlima mrefu pia ilionyesha utegemezi wa leucine, wakati aina za spishi ndogo za Caucasian kutoka Leninakan, Prisevan, Zangezur-Karabakh, na Araksin foci asili ya utegemezi huo hakuwa na.

Kuanzisha msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina za spishi ndogo za Caucasia, kwa kutumia hifadhidata ya KEGG na PFAM, uchambuzi wa njia za kimetaboliki na utambuzi wa mifumo ya enzymatic inayohusika katika biosynthesis ya asidi ya amino yenye kunukia - phenylalanine, tyrosine, amino asidi arginine na. vitamini Bt (thiamine) zilifanywa. Mabadiliko makubwa yalipatikana katika jeni za biosynthesis ya arginine (argA), phenylalanine (aroG), tyrosine (aroF), na vitamini Bl (thiH, thiG) katika aina za spishi ndogo za Caucasian. Katika jeni la muundo a^A, uingizaji wa mlolongo wa uingizaji \S100 wa vigumu 196 bp uligunduliwa, ambayo ndiyo sababu ya auxotrophy ya spishi ndogo za Caucasian kwa arginine. Katika jeni iliyopita

Kwa hivyo, tumeanzisha kwa mara ya kwanza msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya aina ndogo za Caucasia. Sifa za kijeni zilizopatikana za aina za spishi ndogo za Caucasia kwa jeni za sifa tofauti za kemikali ((ggarA, vvi, glpD, agaC, me1B, yuSh) na kwa jeni za usanisi wa mambo ya ukuaji (agA, agoC, agor, ¿/g /C na ShN) zinaonyesha ukale mkubwa zaidi wa spishi hii ndogo, na vile vile muda mrefu mageuzi yake, isiyotegemea spishi ndogo nyingine za U. re, M "ya.

Kulingana na uchambuzi wa kina wa maumbile ya molekuli ya aina za asili za U. resib kutoka kwa foci mbalimbali za tauni, sifa za maumbile za aina za aina nyingine zinazozunguka nchini Urusi, karibu na mbali nje ya nchi pia ziliamua. Matumizi ya mabadiliko ya kijeni yaliyotambuliwa katika jeni paraA, agaC, glpD, mA, na SHR huwezesha kwa ufanisi wa hali ya juu na kutegemewa kubainisha mali ya aina za U. pebis kwa spishi kuu au ndogo, na aina za aina kuu. spishi ndogo kwa mojawapo ya viumbe vitatu - vya kale, vya kati au vya mashariki. Aina bainishi za jeni za kila moja ya vitengo hivi vya taksonomia—aina Y. wadudu—zilitambuliwa.

Tofauti ya jeni za jozi A, ssu, araC, melB, iclR, argA, aroH, aog F, thiH na thiG, iliyoanzishwa wakati wa kazi hii, pamoja na utofauti uliotambuliwa hapo awali wa jeni ya glpD, ilitumika kuunda upya mpango wa phylogenetic wa mageuzi ya aina kuu na ndogo ya tauni ya pathojeni, ambayo ilithibitisha zamani za aina za Caucasian, pamoja na aina nyingine ndogo za Y. pestis (Mchoro 34).

Kama ifuatavyo kutoka kwa mchoro huu, wakala wa causative wa tauni hutoka kwa microbe ya pseudotuberculosis na ni tawi la mageuzi ya Yersinia hii ya enteropathogenic. Aina ndogo za kale zaidi za Y. pestis ziko karibu kifilojenetiki na Y. pseudotuberculosis ikilinganishwa na spishi ndogo nyingine za microbe ya tauni. Tawi lingine la kale la mageuzi ya Y pestis linawakilishwa na aina ndogo za Ulega, Altai na Gissar, ambazo zina karibu kwa kila mmoja na, inaonekana, zimejitenga na shina la jumla la mageuzi katika kundi moja, ambalo baadaye liligawanyika katika aina tofauti. Inavyoonekana, kongwe zaidi kati yao ni spishi ndogo za Ulegai, ambazo zina idadi ndogo mabadiliko katika jeni zinazosaidia maisha (haswa, haina mabadiliko katika jeni ya agaC) ikilinganishwa na aina za spishi ndogo za Altai na Gissar. Mwisho ni karibu phylogenetically kwa kila mmoja, pamoja na matatizo ya kikundi microtus, ambayo yana mabadiliko sawa katika jeni ya sifa tofauti biochemical kama aina ya aina ndogo ya Altai na Gissar. Tulikuwa wa kwanza kupendekeza kwamba aina za microtus ni za kikundi cha spishi ndogo za Altai-Gissar.

С092 (mashariki)

KIM 776 (meclievalis) (meclievalis)

NepalSlö (antiqua) subsp. ulegeica subsp. hismrica

91001 (microtus) subsp. altaica.

231, 680 subsp. caucasica

Y. pseu dotu bereu losis

Kielelezo 34. Mpango wa mageuzi ya intraspecific ya U. rheaT^ya

Masomo yaliyofanywa katika kazi hii yanaunda msingi wa ukuzaji wa taksonomia ya molekuli ya pathojeni ya tauni, lengo ambalo ni kuunda taksonomia ya ndani ya Y. pestis kulingana na utofauti wa jeni kwa sifa muhimu tofauti za kibiolojia na biokemia. ya microbe ya tauni.

Orodha ya marejeleo ya utafiti wa tasnifu Mgombea wa Sayansi ya Biolojia Odinokov, Georgy Nikolaevich, 2010

1. Akiev A.K. Juu ya tofauti ya kisaikolojia ya microbe ya pigo // Shida za maambukizo hatari sana. - 1969. Toleo. 6 (10). - Uk. 22 - 25.

2. Anisimov A.P. Mambo ya Yersinia pestis ambayo yanahakikisha mzunguko na uhifadhi wa pathojeni ya tauni katika mifumo ya ikolojia ya foci asilia. Ujumbe 1 // Molekuli, genetics. 2002. - Nambari 3. - P. 3 - 23.

3. Anisimov A.P. Mambo ya Yersinia pestis ambayo yanahakikisha mzunguko na uhifadhi wa pathojeni ya tauni katika mifumo ya ikolojia ya foci asilia. Ujumbe 2 // Molekuli, genetics. 2002. - Nambari 4. - P. 3 - 11.

4. Aparin T.P., Golubinsky E.P. Microbiolojia ya tauni: Mwongozo. - Nyumba ya Uchapishaji ya Irkutsk / Irkutsk. Chuo Kikuu, 1989. - 90 p.

5. Bazanova L.P., Innokentyeva T.I. Juu ya jukumu la fleas - wabebaji wakuu na wa sekondari wa pigo - katika mzunguko wa pathojeni katika foci ya asili ya Siberia // Med. aya. na kupooza magonjwa. 2008. - Nambari 3. - P. 54 - 60.

6. Balakhonov S.B., Tsenjaev S.N., Erdemabat A.B. Plasmidovars mpya za aina za pathojeni za tauni zilizotengwa nchini Mongolia // Molekuli, genetics, microbiol. na virusi. - 1991. - No. 11. 27 - 29.

9. Bibikova V.A., Klassovsky V.N., Uhamisho wa tauni na fleas. - M.: - Dawa, 1974. 188 p.

10. Bobrov A.G., Fillipov A.A. Kuenea kwa IS285 na IS 100 katika jenomu za Yersinia pestis na Yersinia pseudotuberculosis II Mol. genetics, microbiol. na virusi. 1997. - Nambari 2. - P. 36 - 40.f

11. Vashchenok B.C. Viroboto husambaza vimelea vya magonjwa ya binadamu na wanyama. - L.: Nauka, 1988. - 160 p.

12. Velichko L.N., Kondrashkina K.I., Ermilov A.P. na wengine.Kinyesi cha kiroboto ni mazingira asilia kwa uhifadhi wa muda mrefu wa vijidudu vya tauni // Matatizo ya maambukizo hatari sana. - 1978. - Toleo. (64). - Uk. 51 - 53.

13. Volkov Yu.P., Eroshenko G.A. Uchambuzi wa ufanisi wa njia zingine za kuunda miti ya phylogenetic inayotumika katika kutathmini uhusiano wa mabadiliko ya vijidudu // Shida za maambukizo hatari. 2009. - Toleo. 1 (99). - Uk. 35 - 41.

14. Gusfield J. Kamba, miti na mfuatano katika algoriti: Sayansi ya kompyuta na biolojia ya hesabu. - St. Petersburg: Nevsky Dialect, BHV-Petersburg, 2003. 654 p.

15. Goldfarb L.M., Domaradskaya T.I., Japaridze M.N. Kuelekea tathmini ya mtihani wa isocytate-rat-lyase kwa kutofautisha vimelea vya ugonjwa wa tauni na pseudotuberculosis // Masuala ya sasa katika uchunguzi wa maabara na biokemia ya pathogens ya tauni na kipindupindu. - 1984. S. 23 - 27.

16. Goldfarb L.M., Domaradskaya T.I., Japaridze M.N. Mtihani wa shughuli ya Isocitrate-lyase kwa utofautishaji wa ndani wa pigo la Yersinia // Vipengele vya kisasa vya kuzuia maambukizo ya zoonotic. - 1984. - sehemu ya 2.-S. 21 -22.

17. Domaradsky I.V. Tauni. M.: Dawa, 1998. - 173 p.

18. Ilyina T.S., Romanova Yu.M., Ginzburg A.JI. Biofilm kama njia ya uwepo wa bakteria katika mazingira na kiumbe mwenyeji: jambo, udhibiti wa maumbile na mifumo ya kudhibiti ukuaji wao // Jenetiki. - 2004. -T. 40, Nambari 11. - P. 1 12.

19. Klassovsky L.N., Martinevsky I.L., Stepanov V.M. Juu ya sababu za ukuaji wa shida ya bakteria ya tauni iliyotengwa katika Nyanda za Juu za Transcaucasian kutoka kwa voles na fleas zao // Shida za maambukizo hatari sana. 1972. - Toleo. 1. - ukurasa wa 186 - 188.

20. Kozlov M.P. Tauni. M.: Dawa, 1979. - 192 p.

21. Kokushkin A.M. Baadhi ya vipengele vya maambukizi ya lishe na udhihirisho wa tauni katika panya za mwitu // Tatizo. hasa maambukizi hatari. - 1994.-№5.-S. 23-31.

22. Kokushkin A.M. Vipengele vya kijamii na kibaolojia vya ugonjwa wa tauni: Muhtasari wa Mwandishi. dis. daktari. asali. Sayansi. 1995. - 46 p.

23. Kukleva L.M. Eroshenko G.A. Shavina N.Yu. na wengine Uchanganuzi linganishi wa usambazaji wa pseudojene. genome ya aina ya spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni // Genet ya Molekuli., Microbiol. na virusi. 2009. - Nambari 2. - Uk. 32-36.

24. Kukleva L.M., Eroshenko-G.A., Pavlova A.I. na wengine Tabia za aina za pathojeni za tauni za spishi ndogo tofauti kulingana na upunguzaji wa nitrati, glycerol na Fermentation ya arabinose // Matatizo ya maambukizo hatari sana. - 2007.-No. 94.-S. 50-53.

25. Kukleva L.M., Eroshenko G.A., Shavina N.Yu. na wengine.Uchambuzi wa kulinganisha wa usambazaji wa pseudojene katika jenomu ya aina ya spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni // Molekul, genetics, microbiol. na virusi. - 2008. -Nambari 2.-S. 32-36.

26. Kukleva J.M., Kuzmichenko I.A., Protsenko O.A. Tabia za kulinganisha za mali ya biochemical ya aina ya spishi ndogo za Yersinia pestis na aina ya Yersinia pseudotuberculosis II Shida za maambukizo hatari sana. - 2001.-Toleo. 1.-S. 105-110.

27. Kukleva J.M., Protsenko O.A., Kutyrev V.V. Mawazo ya kisasa juu ya uhusiano kati ya pathogens ya pigo na pseudotuberculosis / Molekuli, genetics, microbiol. na virusol // 2002. No 1 - pp. 3 - 7.

28. Kutyrev V.V., Eroshenko G.A., Popov N.V. na wengine Taratibu za molekuli za mwingiliano wa pathojeni ya tauni na wanyama wasio na uti wa mgongo // Molekul, maumbile., microbiol. na virusi. 2009. Nambari 4. - P. 7 - 12.

29. Kutyrev V.V., Konnov N.P., Volkov Yu.P. Muundo wa muundo wa kisababishi cha tauni na ujanibishaji katika vekta / Ed. V.V. Kutyreva. - M.: Dawa. 2007. 224 p.

30. Kutyrev V.V., Popov Yu.A., Protsenko O.A. Plasidi za pathogenicity ya microbe ya pigo // Mol. genetic., microbiol., virusol. 1986. - Nambari 6. - S.Z -11.

31. Kutyrev V.V., Protsenko O.A. Uainishaji na masomo ya maumbile ya Masi ya Yersinia pestis II Matatizo ya maambukizo hatari sana. 1998. - Nambari 78. - P. 11 - 12.

32. Kutyrev V.V., Smirnova N.I., Uchunguzi wa jeni na uchapaji wa molekuli ya pathogens ya tauni, kipindupindu na kimeta // Molekul, maumbile., microbiol. na virusi. - 2003 - Nambari 1. - P. 6 14.

33. Kutyrev V.V., Smirnova N.I. Tofauti ya maumbile na mageuzi ya genomes ya pathogens ya maambukizi hatari hasa ya tauni, kipindupindu na kimeta: sasa na ya baadaye // Bioteknolojia: hali na matarajio ya maendeleo.-M., 2005.-Ch. 1.-S. 17.

34. Uchunguzi wa maabara wa magonjwa hatari ya kuambukiza. Mwongozo wa vitendo / Iliyohaririwa na G.G. Onishchenko, V.V. Kutyrev.-M.: Dawa, Shiko, 2009. 472 p.

35. Maniatis T., Fritsch E., Sambrook J. Molecular cloning. M.: Mir, 1984.-480 p.

36. Martinevsky I.L. Taxonomia ya jenasi Yersinia II Mat. 4 kisayansi conf. kulingana na asili makaa, na Prof. tauni - Alma-Ata, 1965. P. 142 - 148.

37. Martinevsky I.L. Biolojia na sifa za kijeni za tauni na vijidudu vinavyohusiana kwa karibu. M.: Dawa, 1969. - 295 p.

38. Martinevsky I.L., Stepanov V.M., Kenzhebaev A.Ya. Taxonomia, mabadiliko na jenetiki ya ugonjwa wa tauni na vijidudu vinavyohusiana. Nukus. Kutoka "Karalpakstan", 1990. - 151 p.

39. Mbinu za bacteriology ya jumla, ed. F. Gerhardt et al. M.: Mir, 1984. -264 p.

40. Mikhailova P.S. Taxonomy ya microbe ya tauni inayozunguka kati ya voles katika Nyanda za Juu za Transcaucasian // Nyenzo za mkutano huo, uliowekwa kwa. Maadhimisho ya miaka 50 ya Taasisi ya Microbe. Saratov, 1968. - P. 67 - 68.

41. Ufunguo wa Bakteria Bergey, ed. J. Hoult. N. Krieg, P. Sneath, J. Staley na Williams. - M.: Mir, 1997. Toleo la 9. (katika juzuu 2). - 799 p.

42. Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., Popov N.V. na wengine Foci asili ya tauni katika Caucasus, Caspian kanda, Asia ya Kati na Siberia / Ed. G.G. Onishchenko, V.V. Kutyreva. -M.: Dawa, 2004. 192 p.

43. Peisakhis L.A., Stepenov V.M. Uainishaji wa intraspecific wa wakala wa causative wa tauni kulingana na kanuni ukanda wa kijiografia// Matatizo ya maambukizi hatari hasa. 1975. - Toleo. 2. - ukurasa wa 5 - 9.

44. Popov Yu.A. Ubunifu na utumiaji wa uchunguzi wa DNA kwa wawakilishi wa jenasi Yersinia // Genetics, microbiol. na uboreshaji wa mbinu za maabara. utambuzi ni hatari hasa. inf. Saratov, 1991. - P. 3-13.

45. Popov Yu.A. Shirika la kimuundo na kazi la plasmidi na maendeleo ya uhandisi wa kijeni kwenye mtindo huu: Dis.Dr. biol. Sayansi. Saratov, 1991. - 248 p.

46. Popov Yu.A., Gorshkov O.V., Savostina E.P. et al., Genotyping ya Yersinia pestis matatizo kutoka kwa tauni mbalimbali za asili foci // Molekul, genetics, microbiology na virology 2000. - No. 3. - P. 12-17.

47. Popov Yu.A., Protsenko O.A., Anisimov P.I., Kokushkin A.M., Mozharov

48. T. Kugundua plasmids ya pesticinogenicity ya microbe ya pigo na electropheresis katika gel ya agarose // Kuzuia hatari hasa. inf.- Saratov, 1980.-P. 20-25.

49. Popov N.V., Sludsky A.A. Udovikov A.I. na wengine.Jukumu la Yersinia pestis biofilms katika utaratibu wa tauni enzootic // Zhurn. microbiol., epidemiol. kinga. 2008. - Nambari 4. - P. 118 - 120.

50. Popov Yu.A., Fursov V.V., Shirika la Muundo la derivatives ya plasmid ya pestisinogenicity iliyoandikwa na transposons Tn1 na Tn9 // Mol. biol., maumbile. na kinga. tauni na kipindupindu Saratov, 1983. - ukurasa wa 34 - 39.

51. Popov Yu.A., Yashechkin Yu.I., Drozdov I.G. Uchambuzi wa maumbile ya Masi ya muundo wa DNA ya pFra plasmids ya aina ya pathojeni ya tauni ya biovars mbalimbali // Jenetiki. 1998. - T. 34. - P. 198 - 205.

52. Protsenko O.A., Anisimov P.I., Mozharov O.T. Utambulisho na tabia ya plasmidi ya microbe ya pigo ambayo huamua usanisi wa pesticin1, sehemu ya antijeni I na sumu ya "panya" ya exotoxin // Genetics. 1983. -T. 19, No. 7.-S. 1081-1090.

53. Ratner V.A. Jenetiki ya molekuli: kanuni na taratibu. Novosibirsk: Nauka, 1983. - 256 p.

54. Rozanova G.N., Serdyukova T.V., Shekhikyan M.T. Kisababishi cha tauni kutoka kwa aina ya uga katika utafiti wa Kisayansi wa Caucasus. Taasisi ya Antiplague ya Caucasus na Transcaucasia. Stavropol, 1987. 17 p.

55. Savostina E.P., Popov Yu.A., Genomic polymorphism ya aina ya aina kuu ya pathogen ya pigo // Molekul, genetics, microbiology na virology 2009. - No 4. - P. 23 - 26.

56. Smirnov G.B. Taratibu za kupata na kupoteza habari za kijeni jenomu za bakteria // Maendeleo katika biolojia ya kisasa. 2008. - T. 128. - No. 1.-S. 52-76.

57. Smirnov I.V. Wakala wa causative ya yersiniosis na microorganisms kuhusiana // Klin, microbiol. antimicrobial, chemoter. - 2004. - T. 6, No 1. - P. 10 -21.

58. Smirnova N.I., Kutyrev V.V., Uchambuzi wa kulinganisha wa vipengele vya maumbile ya molekuli ya genomes na mabadiliko yao ya mabadiliko katika mawakala wa causative ya kipindupindu, tauni na anthrax // Molekul, genetic., microbiol. na virusi. 2006. - Nambari 2. - P. 9 - 19.

59. Stybaeva G.S., Atshabar B.B. Vipengele vya maumbile ya Masi ya wakala wa causative wa tauni (mapitio ya fasihi) // Karantini na maambukizo ya zoonotic huko Kazakhstan. 2003. - Nambari 1 (7). - Uk. 52 - 67.

60. Suleimenov B.M. Utaratibu wa tauni ya enzootic. Almaty, 2004. - 236 p.

61. Sultanov G.V., Kozlov M.P. Tauni. Microbiolojia, pathogenesis, utambuzi. Volume 1. Makhachkala: Kutoka Acad. vijijini Sayansi, 1995. 223 p.

62. Timofeeva L.A. Juu ya jamii ya microbe ya pigo // Shida za maambukizo hatari sana. 1972. - Toleo. 1(23) .- Uk. 15 - 22.

63. Timofeeva L.A., Aparin T.P., Trofimenko N.Z. Mahitaji ya asidi ya amino ya aina ya microbe ya tauni iliyotengwa katika foci ya Siberia // Dokl. Irkutsk, taasisi ya kupambana na tauni. Irkutsk, 1971. - Toleo. 9. - ukurasa wa 43 - 44.

64. Timofeeva L.A., Zhamyan Suren, Sotnikova A.N. na wengine Sifa za kibayolojia za aina za microbe za tauni zilizotengwa nchini Mongolia mwaka wa 1969 - 1971. // Matatizo ya maambukizi hatari hasa. 1974. - Nambari 3 (37). - Uk. 37 - 42.

65. Timofeeva JI. A., Logachev A.I. Yersinia pestis ulegeica ni spishi mpya ya tauni iliyotengwa nchini Mongolia. Katika kitabu: Epidemiology na kuzuia maambukizo hatari sana huko Mongolia na USSR. - Ulaanbaatar: B.I., 1975. - P. 63 -64.

66. Tumansky V.M. Tofauti ya microbe ya tauni katika hali ya asili ya mwelekeo wa tauni // Kitabu: Asili, foci, na epidemiology. habari hatari hasa - Saratov, 1959. S. 189 - 199.

67. Filippov A.A., Kutyrev V.V., Vidyayeva N.A. na wengine.Kufunga kwa locus ya plasmid ya utegemezi wa kalsiamu ya Yersinia pestis (Lehmann, Neumann), ikisimba usanisi wa protini ya membrane ya nje (BVM2) // Genetics. 1991. - T. 27, No. 4.-S. 598-606.

68. Filippov A.A., Solodovnikov N.S., Kukleva L.M. Utafiti wa muundo wa plasmid wa aina za pathojeni za tauni kutoka kwa foci anuwai za asili // JMEI. 1992. - Nambari 3. - P. 10 - 13.

69. Tseneva G.Ya., Solodovnikova N.Yu., Voskresenskaya E.A. Vipengele vya molekuli ya virusi vya Yersinia // Klin, microbiol. antimicrobial, chemoter. 2002. - T. 4, No 3. - P. 248 - 266.

71. Yashechkin Yu.I., Kirillina O.A., Popov Yu.A. na wengine Ramani ya kimwili ya 68 ppm plasmid Y pestis 231 // Matatizo ya maambukizi hatari hasa. -1999. -Nambari ya 1 S. 26-28.

72. Achtman M., Morelli G., Zhu R. et al. Microevolution na histoiy ya bacillus ya tauni, Yersinia pestis II Proc. Natl". Acad. Sei. USA. 2004. - 101. - P. 17837-17842.

73. Achtman M., Zurth K., Morelli G. et al. Yersinia pestis, chanzo cha tauni, ni msaidizi aliyeibuka hivi karibuni wa Yersinia pseudotuberculosis II PNAS. 1999. - V. 96;N24. -P. 14043-14048.

74. Anisimov A.P.*, Lindler L.E., Pier G.B. Utofauti wa Intraspecific wa Yersinia pestis II Clin. Microbiol. 2004. - V. 17 (2). - Uk. 434 - 464.

75. Anisimov P.I., Popov Iu.A., Kokushkin A.M. Tofauti ya phenotypic inayofanya kazi katika pathojeni ya tauni na enzootic za tauni // Med. Parazitol. (Mosk). 2001. - N2.-P. 35-40.

76. Bai G., Smith E., Golubov A., Pata J. et al. Udhibiti tofauti wa jeni katika Yersinia pestis dhidi ya Yersinia pseudotuberculosis: athari za hypoxia na jukumu linalowezekana la kidhibiti cha plasmid // Adv. Mwisho. Med. Bioli. 2007. - V. 603. - P. 131 - 144.

77. Baxevanis A.D., Francis-Ouellette B.F./ Bioinformatics. Mwongozo wa vitendo wa uchambuzi wa jeni na protini / John-Willey N.Y., 2001. 470 p.

78. Bearden S.W., Sexton C., Pare J. et al. Sehemu za enzootic zilizopunguzwa (pestoides) za Yersinia pestis zinaonyesha aspartase hai // Microbiology. 2009 - V.155. -P. 198-209.

79. Beale J., Lee S.Y., Iwata S., Beis K. Muundo wa protini inayofunga sulfonate ya alifatiki SsuA kutoka Escherichia coli II Acta Cryst. 2010. - V. 66. - P. 391 -396.

80. Ben-Gurion R., Hertman J., Bacteriocin-kama nyenzo linear plasmid prophage ya Yersinia enterocolitica na covalently kufungwa mwisho // Moll. Microbiol. - 1958-V. 48.-P. 989-1003.

81. Bercovier H. Uhusiano wa ndani na wa spishi mbalimbali wa Yersinia pestis kwa mseto wa DNA na uhusiano wake na Yersinia pseudotuberculosis II Curr. Microbiol. 1980. - Nu 4. - P. 225 - 229.

82. Bobrov A.G., Kirillina O.A., Forman S. et al. Maarifa kuhusu ukuzaji wa filamu ya kibayolojia ya Yersinia pestis: topolojia na mwingiliano shirikishi wa protini za utando wa ndani za hms zinazohusika katika utengenezaji wa exopolisaccharide // Environ.microbiol. - 2008. V. 10, N 6.-P. 1419-1432.

83. Bobrov A.G., Perry R.D. Yersinia pestis lacZ inaonyesha beta-galactosidase na shughuli ya chini ya enzymatic // FEMS Microbiol. Lett. 2006. - V. 255, N 1. - P. 43 -51.

84. Brubaker R.R. Uongofu wa purine mononucleotides katika Pasteurella pestis II Infect. Kinga. 1970. - V. 1. - P. 446 - 454.

85. Brubaker R.R. Jenasi Yersinia: biokemia na jenetiki ya virusi // Mada za Sasa katika Microbiol, na Immunol. 1972. -N 57. - P. 293 - 299.

86. Brubaker R.R. Kuibuka kwa hivi karibuni kwa tauni: mchakato wa mageuzi mabaya // Ikolojia ya Microbial. 2004. - V. 47. - P. 293 - 299.

87. Mashimo T.W. Virulence ya Pasteurella pestis na kinga dhidi ya tauni // Er-geb Mikrobiol Immunitatsforsch Exp Ther. 1963 - V. 37. - P. 59-113.

88. Buchrieser C., Prentice M., Carniel E. Eneo lisilo na utulivu la kilobase 102 la Yersinia pestis linajumuisha kisiwa cha pathogenicity ya juu kilichounganishwa na sehemu ya rangi ambayo hupitia mipangilio ya ndani // J. Bacterid. - 1998. - V. 180. - P. 2321-2329.

89. Cao Y., Huang H., Meng K. et al. Cloning na usemi wa utendaji wa a-galactosidase kutoka Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 //Biosci. Bayoteknolojia. Biochem. 2008.-V. 72, N 8. - P. 2203 - 2205.

90. Chain P.S., Carniel E., Larimer F.W. na wengine. Maarifa kuhusu mabadiliko ya Yersinia pestis kupitia ulinganisho wa jenomu nzima na Yersinia pseudotuberculosis! Mimi Proc. Natl. Acad. Sei. MAREKANI. 2004. - V. 191, N38.-P. 13826-13831.

91. Chain P. S., Hu P., Malfatti S. A. et al. Mlolongo kamili wa genome wa aina ya Yersinia pestis Antiqua na Nepal516: ushahidi wa kupunguza jeni katika pathojeni inayoibuka // J. Bacterid. 2006. - V. 188, N 12. - P. 4453 - 4463.

92. Chuang Peng / Mbinu za msingi za Umbali katika ujenzi wa miti ya phylogtetic, p. 1 -11,2007.

93. Cobbs C.G., Chansolme D.H. Tauni. // Kliniki. Dermatol. 2004. - V. 22 (3). -P. 303-312f

94. Cornells G.R., Boland A., Boyd A.P. na wengine. Plasidi ya virusi ya Yersinia, jenomu ya antihost // Microbiol. Mol. Bioli. Mch. 1998. - V. 62, No. 4. -P. 1315-1352.

95. Cowan C. et al., Uvamizi wa seli za epithelial na Yersinia pestis: ushahidi wa uvamizi maalum wa Y. // Infect. Kinga. 2000. - V. 68 (8). - Uk. 4523 - 4530.

96. Dale C., Wang B. et al. Tauni // Proc. Natl. Acad. Sei. MAREKANI. 2002. -Vol.99, No. 19.-P. 12397-12402.

97. Darby C., Ananth S.L., Tan L., Hinnebusch B.J. Utambulisho wa jeni ya gmhA a Yersinia pestis inayohitajika kwa kuziba kwa viroboto kwa kutumia Caenorhabditis elegans biofilm// Infect.Immun.- 2005. V.73, N11. - P. 7236 - 7242.

98. Deng W., Burland V., Plunkett G. et al. Mlolongo wa genome wa Yersinia pestis KIM // J. Bacteriol. 2002 - V. 184 - P. 4601 - 4611.

99. Dennis D.T., Chow C.C. Tauni // J. Pediatr. Ambukiza. Dis. 2004. - V. 23 (1). -P. 69-71.

100. DeSalle R., Giribet G., Wheeler W. / Mbinu katika utaratibu wa Masi na mageuzi / Birkhauser, 2002. 420 p.

101. Devignat R. Variétés de l'espèce Pasteurella pestis // Bull WHO.. 1951. - V. 4.-P. 247-263.

102. Epinger M., Guo Z., Sebastian T., Wimbo Y., Lindl er L.E., Yang R., Ravel J. Rasimu ya mfuatano wa jenomu ya Yersinia pestis hujitenga kutoka kwa foci ya asili ya tauni ya endemic katika Cine // J. Bacteril. 2009. - V. 191. - P. 7628 - 7629.

103. Epinger M., Rosovitz M.J., Fricke W.F. na wengine. Mlolongo kamili wa genome wa Yersinia pseudotuberculosis IP31758, wakala wa causative wa Mashariki ya Mbali Scarlet-Like Fever // Plos Genetics 2007. - V. 3 - P. 1508 - 1522.

104. Eppinger M., Worsham P.L., Nikolich M.P. na wengine. Mfuatano wa jenomu wa aina ya wadudu waharibifu wa Yersinia wenye mizizi mirefu Angola unaonyesha maarifa mapya kuhusu mageuzi na pangenome ya bakteria ya tauni // J. Bacteriol. 2010. - V. 192, N 6. - P.i1685-1699.

105. Felek S., Tsang T.M., Krukonis E.S. Adhesini tatu za Yersinia pestis hurahisisha uwasilishaji wa Yop kwa seli za yukariyoti na huchangia uharibifu wa tauni // Ambukiza. Kinga. Mstari wa 77(2). - Uk. 825 - 836.

106. Felsenstein J., PHYLIP-Phylogeny Inference Package (toleo la 3.2). Cladistics, 1989, vol. 5, uk. 164 -166, http://evolution.genetics.washington.edu/philip.html.

107. Fetherston J.D., Perry R.D. Eneo la rangi ya Yersinia pestis KIM6+ limezungukwa na mfuatano wa uwekaji na inajumuisha jeni za muundo wa unyeti wa wadudu na HMWP2 // Mol. Microbiol. 1994. - V. 13, No. 4. - Uk. 697 - 708.

108. Forman S., Wulff C. R., Myers-Morales T. et al. yadBC ya Yersinia pestis, kiashiria kipya cha virusi kwa tauni ya bubonic // Ambukiza Immun. - 2008. V. 76 (2). -P. 578-587.

109. Garcia E., Worsham P., Bearden S. et al. Pestoides F, aina isiyo ya kawaida ya wadudu ya Yersinia kutoka Umoja wa zamani wa Soviet // Adv Exp Med Biol. 2007. - V. 603. -P. 17-22.

110. Gascuel O. / Hisabati ya mageuzi na phylogeny. / Vyombo vya habari vya Clarendon. Oxford. 2004.-33 p.

111. Gintsburg A.L., Shovadaeva G.A., Shubin F.N. na wengine. Kuunganishwa na chromosome-hali mbadala ya plasmidi zinazotegemea kalsiamu huko Yersinia // Mol. Mwa. microbiol. Virusi. 1989. -N 5. -P. 7 - 11.

112. Guiyoule A., Gerbaud G., Buchrister C. et al. Upinzani unaoweza kuhamishwa wa plasmid kwa streptomycin katika pekee ya kliniki ya Yersinia pestis II Emerg. Ambukiza. Dis. 2001. - Vol. 7, Nambari 1. - P. 43 - 48.

113. Guo Y., Zhang L., Xia L. et al. Herufi za kibiokemikali za wadudu waharibifu wa Yersinia waliotengwa kutoka Kaunti ya Yulong ya Mkoa wa Yunnan nchini Uchina // Endem. Dis. Fahali. -2008.-V. 23.-P. 12-14.

114. Hall-Stoodley L., Costerton J.W., Stoodley P. Filamu za kibaolojia za bakteria: kutoka kwa mazingira asilia hadi magonjwa ya kuambukiza. Nat. Mch. Microbiol. 2004, N2. - P 95 -108.

115. Hare J.M., McDonough K.A. Mitindo ya juu-frequency RecA-tegemezi na -huru ya mabadiliko nyekundu ya Kongo katika Yersinia pestis. H J Bakteria. 1999.-V. 181(16). - P. 4896-4904.

116. Hillier S.L., Charnetzky W.T. Jaribio la haraka la uchunguzi linalotumia shughuli ya isocitrate lyase kutambua Yersinia pestis II J.Clin.Microbiol. - 1981. V.13, N4. -P. 661-665.

117. Hinnebusch B.J. Mageuzi ya maambukizi ya viroboto katika Yersinia pestis II Curr. Masuala ya Mol. Bioli. 2005. - V. 7, N2. - Uk. 197 - 212.

118. Hinnebusch B.J., Fisher E.R., Schwan T.G. Tathmini ya jukumu la activator ya Yersinia pestis plasminogen na mambo mengine yaliyosimbwa ya plasmid katika uzuiaji wa tegemezi wa wastani wa kiroboto // Kuambukiza. Kinga. 1998. - V. 178. - P. 1406 -1415.

119. Hinnebusch B.J., Perry R.D., Schwan T.G. Jukumu la hifadhi ya Yersinia pestis hemin (hms) katika uenezaji wa tauni na viroboto // Sayansi. 1996. - V 273, N5273-P. 367-370.

120. Hinnebusch B.J., Rudolf A.E., Cherepanov P.et al. Jukumu la sumu ya Yersinia murine katika kuishi kwa pestis ya Yersinia katikati ya vekta ya flea // Sayansi. - 2002.-V. 296.-P. 733-735.

121. Hoiczyk E., Roggenkamp A., Reichenbecher M. et al. Uchambuzi wa muundo na mlolongo wa Yersinia YadA na Moraxella UspAs unaonyesha darasa la riwaya la adhesin // J. EMBO 2000. - V. 19(22). - P. 5989 - 5999.

122. Iriarte M., Cornelis G.R. Viamuzi vya Masi ya pathogenesis ya Yersinia // Microbiologia. 1996.-V. 12 (2). - Uk. 267-280.

123. Jackson S., Burrows T.W. Athari ya kuimarisha virulence ya chuma kwenye mutants zisizo na rangi za aina mbaya za Pasteurella pestis // Br. J. Exp. Pathol. - 1956. -Y. 37.- P. 577-583.

124. Joshua G.W.P., Karlyshev A.V., Smith M.P. na wengine. Mfano wa Caenorhabditis elegans wa maambukizi ya Yersinia: uundaji wa biofilm kwenye nyuso za kibayolojia // Microbiology. 2003. - V. 149. - P. 3221 - 3229.

125. Kienle Z., Emody L., Svanborg C., O"Toole P.W. Sifa za wambiso zilizotolewa na activator ya plasminogen ya Yersinia pestis. II J. Gen. Microbiol. 1992. -V. 138.-1679-1687.

126. Kitching I.J., Forey P.L., Humphries C.J., Williams D.M. / Cladistics. Nadharia na mazoezi ya uchambuzi wa parsimony. - Machapisho ya sayansi ya Oxford, 1998. - 223 p.

127. Kutyrev V.V., Boolgakova E.G., Yidyaeva N.A. na wengine. Tabia za kulinganisha za vikundi tofauti vya bakteria vya jenasi Yersinia // Maambukizi ya Asili. Dis.: Abst. ya Sayansi. Conf. 6 Desemba. Ulanbaatar, 2001. - P. 39 - 40.

128. Kutyrev V.V., Filippov A.A., Oparina O.S. na wengine. Uchambuzi wa viambishi vya kromosomu za Yersinia pestis Pgm+ na Psts zinazohusiana na virusi // Microb. Pa-tog. 1992.-V. 12.- P. 177-186.

129. Kutyrev V.Y., Vidyaeva N.A., Bobrov A.G. na wengine. Jeni la sumu ya murine husimba kwa phospholipase iliyofichwa D // Sumu ya protini ya bakteria. Jena-Stuttgart. - 1997.-P. 59-60.

130. Lahteenmaki K., Virkola R., Saren A. et al. Udhihirisho wa plasminogen activator pla ya Yersinia pestis huongeza kiambatisho cha bakteria kwenye tumbo la ziada la mamalia // Ambukiza Immun. 1998. - V. 66 (12). - Uk. 5755 - 5762.

131. Lathem W.W., Price P.A., Miller V.L., Goldman W.E. Protease inayowasha plasminojeni inadhibiti haswa ukuzaji wa tauni ya msingi ya nimonia // Sayansi. 2007. - V. 315 (5811). - Uk. 509 - 513.

132. Lazaro A.A., Decker C.F. Tauni // Clin ya Utunzaji wa Respir. N Am. 2004. -V. 10(1).-P. 83-98.

133. Li Y., Hauck Y., Platonov M.E. et al., Genotyping na uchanganuzi wa Yersinia pestis na ML VA: maarifa juu ya upanuzi wa kimataifa wa tauni ya Asia ya Kati // PLoS ONE. 2009.-V. 4 (6), e6000.j

134. Liang Y., Hou X., Wang Y. et al. Upangaji upya wa jenomu ya aina zilizofuatana kabisa za Yersinia pestis II J. Clin. Microbiol. - 2010. - V. 48 (5). - P. 1619-1623.

135. Lillard J.W., Fetherston J.D., Pedersen L. et al. Mlolongo na uchambuzi wa kinasaba wa mfumo wa hifadhi ya hemin (hms) wa Yersinia pestis II Gene. - 1997. V. 193. - P. 13-21.

136. Lindler LE. Mbinu za kuchapa kwa pathojeni ya tauni, Yersinia pestis II J. AOAC Int. 2009. - V. 92 (4). - Uk. 1174 - 1183.

137. Lindler L.E. Yersinia pestis - plasmidi maalum pFra na pPla // Yersinia baiolojia ya molekuli na seli / Ed.: E. Carniel, B.J. Yinnebusch. Horison Bioscience, 2004. - Sura.

138. Matsumoto H., Young G.M. Athari zilizohamishwa za Yersinia // Curr. Maoni. Microbiol. 2009. - V. 12 (1). - Uk. 94 - 100.

139. McDonough K.A., Barnes A.M., Quan T.J. na wengine. Mabadiliko katika pla gene ya Yersinia pestis hubadilisha mwendo wa tauni bacillus-flea (Siphonaptera: Cerato-phyllidae) mwingiliano I I J.Med. Enthomil. 1993. - V. 30. - V. 772 - 780.

140. Mollaret H., Mollaret C. Uchachushaji wa Melibiose katika jenasi Yersina na umuhimu wake katika utambuzi wa aina za Y. pestis II Bull Soc Pathol Exot Filiales. 1965.-V. 58(2).-P. 154-156.

141. Mlima D. W. / Bioinformatics. Mlolongo na uchambuzi wa jenomu. Vyombo vya habari vya maabara ya Gold Spring Harbor, 2003. - 50 p.

142. Naumov A.V., Kuz"michenko I.A., Taranenko T.M. et al. Vipengele vya biochemical ya pathogenicity ya wakala wa causative wa tauni // Med. Parazitol. (Mosk) 1995. - N 4 - P. 17-22.

143. Navid A., Almaas E. Urekebishaji wa kiwango cha Genome wa mtandao wa kimetaboliki huko Yersinia pestis, shida 91001 // Mol. Biosyst. 2009. - V. 5 (4). - Uk. 368 -375.

144. Odaert M., Berche P., Simonet M. Kuandika kwa molekuli ya Yersinia pseudotuberculosis kwa kutumia kipengele kinachofanana na IS200 // J. Clin. Microbiol. 1996. - V. 34 (9). -P. 2231-2235.

145. Paerregaard A., Espersen F., Skurnik M. Jukumu la protini ya membrane ya nje ya Yersinia YadA katika kushikamana na tishu za matumbo ya sungura na sungura ya matumbo ya brashi ya mpaka vilengelenge vya membrane // APMIS. 1991. - V. 99 (3). - Uk. 226 - 232.

146. Paiva Nunes M., Suassuna I., Rocco Suassuna I. Tabia za kemikali za sampuli za wadudu wa Yersinia zilizotengwa nchini Brazili // Rev. Latinoam. Microbiol. 1977. -V. 19(4).-P. 189-197.

147. Pan N.J., Brady M.J., Leong J.M., Goguen J.D. Utoaji wa aina ya III unaolenga katika Yersinia pestis II Antimicrob. Wakala wa Chemother. 2009. - V. 53 (2). - Uk. 385 -392.

148. Panina E.M., Vitreschak A.G., Mironov A.A., Gelfand M.S. Udhibiti wa byosynthesis ya amino asidi yenye kunukia katika Gamma-proteobacteria // J. Mol. Microbiol. Bayoteknolojia. 2001. - V. 3, N 4. - P. 529 - 543.

149. Parhill J., Wren B:W., Thomson N.R. na wengine. Mlolongo wa genome wa Yersinia pestis, wakala wa causative wa tauni // Asili. 2001. - V. 413. - P. 523 - 527.

150. Patel C.N., Wortham B.W., Mistari J.L. na wengine. Polyamines ni muhimu kwa malezi ya biofilm ya tauni // J. Bacteriol. 2006.-V. 188, N 7. - P. 2355 - 2363.

151. Pendrak M.L., Perry R.D. Tabia ya eneo la hifadhi ya hemin ya Yersinia pestis I I Biol. Vyuma 1991. - V. 4. - P. 41 - 47.

152. Pendrak M.L., Perry R.D. Protini muhimu kwa usemi wa Hms+ phe-notype ya Yersinia pestis II Mol. Microbiol. 1993. - V.8. - Uk. 857 - 864.

153. Perry R.D., Pendrak M., Schuetze P. Utambulisho na uundaji wa locus ya hifadhi ya hemini inayohusika katika phenotype ya rangi ya Yersinia pestis II J. Bacteriol. 1990. - V. 172. - P. 5929 - 5937.

154. Perry R.D., Balbo P.B., Jones H.A. na wengine. Yersiniabactin kutoka Yersinia pestis." Tabia ya biochemical ya siderophore na jukumu lake katika usafiri wa chuma na udhibiti // Microbiology. 1999. - V. 145, Sehemu ya 5. - P. 1181 - 1190.

155. Perry R.D., Fetherston J.D. Yersinia pestis wakala wa etiolojia ya tauni // Clin. microbiol. Mch. 1997. - V. 10. - P. 35.

156. Perry R.D., Lucier T.S., Sikkema D.J. et al., Hifadhi ya hifadhi ya hemini na chuma isokaboni katika Yersinia pestis II Infect. Kinga. - 1993. V. 61. - P. 32 - 39.

157. Perry R.D., Straley S.C., Fetherston J.D. na wengine. Mpangilio wa DNA na uchanganuzi wa plasmid pCDl yenye majibu ya chini ya Ca2+ ya Yersinia pestis KIM5 // Infect. Kinga. 1998. - V. 6, N 10. - P. 4611 - 4623.

158. Perry R.D. Tauni ya viroboto: kuishi na maambukizi ya Yersinia pestis II Habari za ASM. 2003. - V.69, N 7. - P. 385 - 389.

159. Tauni. Karatasi ya data N267. Shirika la Afya Ulimwenguni, Inapatikana kwa: http//www.who.int/mediacentre/factssheets/fs267/en/index.htm.Ilipitiwa tarehe 18 Aprili 2006.

160. Portnoy D.A., Moseley S.L., Falkow S. Tabia ya plasmid na viashiria vinavyohusishwa na plasmid ya Yersinia enterocolitica pathogenesis // Kuambukiza. Kinga. 1981. - V. 31. - P. 775 - 782.

161. Pouillot F., Fayolle C., Camiel E. Tabia ya maeneo ya kromosomu yaliyohifadhiwa katika ugonjwa wa kifua kikuu wa Yersinia na kupotea kwa Yersinia pestis I I Infect. Kinga. 2008. - V. 76 (10). - Uk. 4592 - 4599.

162. Prasad Maharjan R., Yu P.L., Seeto S., Ferenci T. Jukumu la lyase ya isocitrate na mzunguko wa glyoxylate katika Escherichia coli inayokua chini ya kizuizi cha glukosi // Res. Microbiol. 2005. - V. 156 (2). - Uk. 178 - 183.

163. Prentice MB, Rahalison L. Plague // Lancet. 2007. - V. 369, N 9568. - P. 1196-1207.

164. Bei S.B., Cowan C., Perry R.D., Straley S.C. Antijeni ya Yersiniapestis V ni protini inayodhibiti muhimu kwa ukuaji tegemezi wa Ca2(+) na usemi wa juu zaidi wa jeni za mwitikio wa chini wa Ca2+ // J. Bacterid. 1991. - V. 173 (8). - Uk. 2649 - 2657.

165. Rakin A., Boolgakowa E., Heesemann J. Shirika la kimuundo na kazi la nguzo ya jeni ya Yersinia pestis bacteriocin pesticin // J. Microbiol. 1996.-V. 142.-P. 3415-3424.

166. Richardson D.J., Berks B.C., Russell D.A. na wengine. Kazi, biochemical na utofauti wa maumbile ya reductases ya nitrate ya prokaryotic // CMLS. 2001. - V. 58. - P. 165-178.

167. Sneath P.H., Socal R.R. Jamii ya nambari II Asili. 1962. - N 193. - P. 855 - 860.

168. Quan T., Van der Linden J., Tsuchiya K. Tathmini ya tathmini ya uhakika ya isositrati lyase kwa ajili ya utambuzi wa haraka wa kukisia wa Yersinia pestis II J. Clin. Microbiol. 1982.-V. 15,N16.-P. 1178-1179.

169. Sanger F., Nicklen L., Coulson A. Mpangilio wa DNA na vizuizi vya kukomesha mnyororo // Proc. Natl. Acad. Sayansi. MAREKANI. 1977. - Juz. 74. - P. 5463 -5467.

170. Savostina E.P., Popov Iu.A., Kashtanova T.N. na wengine. Upolimishaji wa genomic wa spishi ndogo kuu za shida za wakala wa tauni // Mol. Mwa. microbiol. Virusi. -2009-N4. Uk. 23-27.

171. Sebbane F., Jarrett C. O., Gardner D. et al. Jukumu la activator ya Yersinia pestis plasminogen katika matukio ya aina tofauti za septicemic na bubonic ya tauni ya fleaiborne // Proc.Natl. AcadlSci.USA. 2006. - V.103, N 14 - P.5526 - 5530.

172. Sebbane F., Jarrett G.O., Linkenhoker J.R., Hinnebusch B.J. Tathmini ya jukumu la shughuli za msingi za isocitrate lyase katika maambukizi ya Yersinia pestis ya vector ya flea na "mwenyeji wa mamalia" // Infect, na Immun - 2004. V. 72, N 12 - P. 7334-7337.

173. Semple C., Steel M. / Phylogenetics. Vyombo vya habari vya chuo kikuu cha Oxford, 2003. - 256 P

174. Simonet M., Riot B., Fortineau N., Berche P. Uzalishaji wa Invasin na Yersinia pestis unafutwa kwa kuwekewa kipengele kinachofanana na IS200 ndani ya jeni ya inv // Infect Immun. 1996. - V. 64 (1). - Uk. 375 - 379.

175. Skrzypek E., Straley S.C. Athari tofauti za ufutaji katika lcrV juu ya utolewaji wa antijeni ya V, udhibiti wa mwitikio wa chini wa Ca2+, na uharibifu wa Yersinia pestis II J. Bacteriol. 1995. - V. 177 (9). - Uk. 2530 - 2542.

176. Wimbo Y., Tong Z., Wang J. et al., Kamilisha mlolongo wa jenomu ya aina ya Yersinia pestis 91001, avirulent pekee kwa wanadamu // DNA Res. 2004. - V. 11 (3). -P. 179-197.

177. Stenseth N.C., Atshabar B.B., Begon M. et al. Tauni: zamani, sasa, na ya baadaye // PLoS Med. 2008. - V. 5 (1)., e3.

178. Straley et al., Urekebishaji wa mazingira wa kujieleza kwa jeni na pathogenesis katika Yersinia // Trends Microbiol. 1995. - V. 3 (8). - Uk. 310 - 317.

179. Sun Y.C., Hinnebusch B.J., Darby C. Ushahidi wa majaribio kwa uteuzi hasi katika mageuzi ya Yersinia pestis pseudogene // Proc. Natl. Acad. Sei. MAREKANI. 2008. V. 105, N 2. - P. 8097 - 8101.tyf

180. Surgalla M. J., Beesley E. D. Kongo uwekaji wa agar-red-agar kwa ajili ya kugundua rangi katika Pasteurella pestis // Appl. Microbiol. - 1969. V. 18 (5). - P. 834 -837.

181. Tahir Y., Skurnik M. YadA, adhesin nyingi za Yersinia // Int. J. Med. Microbiol. 2001. - V. 291 (3). - Uk. 209 - 218.

182. Takahashi H., Watanabe H. Plague // Nippon Rinsho. 2007. - V. 65. - P. 54-59.

183. Tiball R.W., Hill J., Lawton D.J., Brown K.A. Yersinia pestis na tauni I I Biochem. Soc. Trans. 2003. - V. 31. - P. 104 - 107.

184. Weerasingle J.P., Dong T., Schertzberg M.R. na wengine. Usemi wa awamu ya kusimama ya arginine biosynthetic operon argCBH katika Escherichia coli II BMC Microbiology. 2006. - V. 6. - P. 14 - 26.

185. Williamson ED. Tauni. // Chanjo. 2009. - V. 4. - P. 56 - 60.

186. Wren B.W. Uchanganuzi wa jenomu ya microbial: maarifa juu ya virusi. Marekebisho ya mwenyeji na mageuzi // Nature Rev. Genet. 2000. - V. 1. - P. 30 - 39.

187. Wren B.W. Yersinia ni jenasi ya kielelezo ya kusoma mageuzi ya haraka ya pathojeni ya bakteria//Mapitio ya asili. Microbiolojia. 2003.-V.l. - P.55-64.

188. Worsham P.L., Roy C. Pestoides F, aina ya Yersinia pestis isiyo na kiamsha plasminogen, ni hatari kwa njia ya erosoli // Adv. Mwisho. Med. Bioli. 2003. - V. 529. -P. 129-131.

189. Xiong Jin / Bioinformatics muhimu. Chuo Kikuu cha Cambridge. vyombo vya habari. 2006. 361 p.

190. Zhou D., Han Y., Wimbo Y. et al. Genomics linganishi na mageuzi ya Yersinia pestis II Microbes Infect. 2004. - V. 6 (13). - Uk. 1226 - 1234.

191. Zhou D., Tong Z., Wimbo Y. et al. Jenetiki ya tofauti za kimetaboliki kati ya Yersinia pestis biovars na pendekezo la biovar mpya, microtus // J. Bacteriol. -2004. V. 186. - P. 5147 - 5152.

Tafadhali kumbuka kuwa maandishi ya kisayansi yaliyowasilishwa hapo juu yamewekwa kwa madhumuni ya habari na yalipatikana kupitia utambuzi maandishi asilia tasnifu (OCR). Kwa hivyo, zinaweza kuwa na makosa yanayohusiana na kanuni za utambuzi zisizo kamili.
Hakuna hitilafu kama hizo katika faili za PDF za tasnifu na muhtasari tunazowasilisha.

Utangulizi wa kazi

Umuhimu wa tatizo. Tauni ni kitovu cha asili cha zoonotic, haswa ugonjwa hatari wa kuambukiza wa bakteria na njia inayoweza kuambukizwa ya maambukizi ya pathojeni [Cherkassky, 1996]. Tauni inaleta tishio la kweli kwa idadi ya watu kwa sababu ya uwepo wa foci nyingi za asili za tauni, ambazo zingine ziko katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani [Onshtsenko et al., 2004]. Kuna uwezekano mkubwa wa pathojeni ya tauni kuletwa nchini Urusi kutoka nchi jirani ambazo hazijaathiriwa na ugonjwa huu, pamoja na matokeo ya vitendo vya kigaidi. Kulingana na WHO, zaidi ya visa 2,000 vya tauni hurekodiwa kila mwaka kote ulimwenguni, nyingi kati yao ni mbaya. Mlipuko mkubwa wa tauni ya nimonia mwaka 2009 ulitokea katika Mkoa unaojiendesha wa Hainan Tibet wa China, ambao pia uliripoti idadi ya vifo. Ukweli huu wote unahitaji haraka maendeleo ya mbinu mpya, zenye ufanisi sana za kutambua pathojeni ya tauni, kwa kuzingatia teknolojia za kisasa, na njia za kuzuia na matibabu ya ugonjwa hatari unaosababisha.

Uainishaji uliotumika hadi sasa Yersinia wadudu sifa tu za kimofolojia, kitamaduni, biokemikali na nyinginezo za phenotypic zilizingatiwa [Bezsonova, 1928; Borzenkov, 1938; Tumansky, 1957; Timofeeva, 1968; Kutyrev, Protsenko, 1998; Devignat, 1951] na hawakuwa na hasara zinazohusiana na utofauti wa sifa hizi. Hata hivyo, maendeleo ya hivi karibuni katika genetics ya msingi na microbiolojia ya molekuli hufanya iwezekanavyo kuhamisha ufumbuzi wa matatizo ya utaratibu wa wakala wa causative wa tauni kwa kiwango kipya cha ubora, kulingana na matumizi ya vipengele vyake vya maumbile ya molekuli.

Kwa mujibu wa uainishaji wa ndani unaokubalika sasa, aina za pathojeni ya pigo imegawanywa katika aina kuu na 4 ndogo (Caucasian, Altai, Gissar na Ulegey) [Timofeeva, 1985; Kutyrev, Protsenko, 1998]. Kulingana na uainishaji wa kawaida wa kigeni, matatizo Y. wadudu Kulingana na tofauti katika idadi ya mali za biokemikali (uwezo wa kuchachusha glycerol, kupunguza nitrati, oksidi ya amonia) na kwa msingi wa kihistoria na kijiografia, wamegawanywa katika biovars tatu: zamani (kale), medievalis (medieval) na orientalis (mashariki). ) Kulingana na sifa za phenotypic, aina za spishi kuu zinalingana na biovars tatu (zamani, medieval na mashariki) zilizokubaliwa katika uainishaji wa kigeni. Hata hivyo, matatizo Y. pes-

4 tis zinazozunguka katika foci asili ya tauni katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani kubaki si utaratibu kulingana na mali yao ya biovars fulani.

Kulingana na usemi wa sifa tofauti za biokemikali, zinazofanya kazi zaidi ni aina za biovari ya zamani. Huchachusha glycerol na kuwa na shughuli ya kutofautisha. Matatizo ya biovari ya enzi za kati. ". wadudu hawawezi kupunguza nitrati, lakini ferment glycerol na arabinose; Matatizo ya biovar ya mashariki hayachachi glycerol, lakini hupunguza nitrati na kutumia arabinose.

Matatizo ya spishi ndogo zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kama sheria, ni hatari sana na zina umuhimu mkubwa wa janga. Hazichachi rhamnose na melibiose, sio nyeti kwa PESTICE I, na zina kiwango cha juu cha uzalishaji wa isocitralase. Aina ndogo za spishi ndogo huchacha rhamnose na melibiose, ni nyeti kwa wadudu I, hazionyeshi shughuli ya isositrati-lyase, ni hatari kwa wanyama wa maabara, na zina umuhimu mdogo wa janga.

Sababu za maumbile za usemi tofauti wa sifa za biokemikali na aina zinazotumiwa katika kugawanya Y. wadudu katika biovars na spishi ndogo bado haijasomwa vya kutosha hadi sasa. Jambo pekee ambalo limethibitishwa kwa uhakika ni kwamba sababu ya ukosefu wa fermentation ya glycerol katika aina ya biovar ya mashariki ni mabadiliko katika gene ya glycerol-3-phosphate dehydrogenase. (glpD). Ilionyeshwa kuwa katika jeni hili aina zote za biovar ya mashariki zina ufutaji wa 93 bp. . Katika fasihi kuna kazi chache tu za kuamua tofauti katika muundo wa jeni Y. wadudu spishi kuu na ndogo, zinazohusika na upunguzaji wa nitrati na uchachushaji wa rhamnose [Kukleva et al., 200 2009; Anisimov et al., 2004; Zhou et al., 2004].

Sababu za kutofautiana kwa aina za tauni katika suala la mahitaji ya lishe bado haijulikani. Matatizo kutoka kwa tauni anuwai ya asili hutofautiana katika mahitaji ya lishe, yanayoamuliwa na usumbufu katika jeni za kimetaboliki ya kati, ambayo inaweza kutumika katika mpango wa maumbile kwa utofautishaji wa aina. Y. wadudu kutoka kwa foci mbalimbali za asili za pigo.

Utambulisho wa mabadiliko katika muundo wa jeni ambayo ina msingi wa udhihirisho tofauti wa sifa za kibaolojia na biochemical itatumika kama habari ya kuaminika ya kuunda mpango wa kijeni wa kuainisha aina za pathojeni ya tauni, na pia kwa kuamua mwelekeo kuu wa mageuzi ya intraspecific. Y. wadudu.

5 Kusudi la kazi. Uamuzi wa msingi wa kijeni kwa usemi tofauti wa sifa za kibayolojia zinazotumiwa kugawanya aina za pathojeni ya tauni katika spishi ndogo na viumbe hai.

Malengo ya utafiti:

Taja aina zinazotumika katika kazi Y. wadudu, pekee katika foci asili ya tauni katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani, kulingana na mali biochemical (kupunguza nitrati, uzalishaji wa lyase isocitrate, fermentation ya arabinose na melibiose), ambayo msingi mgawanyiko katika jamii ndogo na biovars. Ili kujua ikiwa aina zinazozunguka nchini Urusi na nchi jirani ni za biovars fulani.

Kusoma muundo na kazi shirika la jeni encoding sifa tofauti kutumika katika mgawanyiko katika biovars - nitrati kupunguza na arabinose Fermentation.

Tambua mabadiliko katika jeni Y. wadudu, kuamua uchachushaji wa melibiosis na utengenezaji wa lyase ya isocitrate, ambayo ni msingi wa utofautishaji wa spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni.

Kuamua mahitaji ya lishe ya aina Y. wadudu Aina ndogo za Caucasian na kuanzisha msingi wa maumbile ya auxotrophy yao.

Tathmini matarajio ya kutumia matokeo yaliyopatikana kuunda mpango wa kijeni kwa uainishaji wa ndani wa aina maalum. Y. wadudu na kuanzisha mwelekeo kuu wa mageuzi ya intraspecific ya pathojeni hii.

Riwaya ya kisayansi ya kazi hiyo. Kulingana na data kutoka kwa uchambuzi tata wa kibaolojia, biochemical na maumbile, ilianzishwa kuwa aina ya pathojeni ya tauni inayozunguka katika foci ya asili ya Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni ya biovars ya zamani na ya medieval.

Ilionyeshwa kwa mara ya kwanza kuwa sababu ya kukosekana kwa shughuli za kupunguza nitrati katika aina fulani za spishi kuu zinazozunguka katika Shirikisho la Urusi na nchi jirani ni uwepo wa kibadilishaji kimoja cha nyukleotidi G -»T katika nafasi ya 613. jeni la periplasmic nitrate reductase - jozi, ambayo inathibitisha kwamba aina hizi ni za biovar ya medieval. Ukosefu wa kujieleza kwa sifa hii katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar husababishwa na kuingizwa kwa nyukleotidi ya thymus (+T) kwenye nafasi ya 302 ya jeni nyingine - ssuA, ambayo husababisha kuhama kwa sura ya kusoma na usumbufu wa muundo wa protini ya usafiri iliyosimbwa - SsuA, ambayo pia inahusika katika kupunguza nitrati.

Ilianzishwa kwa mara ya kwanza kuwa kukosekana kwa uchachushaji wa arabinose katika aina] wadudu Aina ndogo za Altai na Hissar zinahusishwa na uwepo wa mabadiliko katika jeni la udhibiti wa operon ya arabinose - ndio, ambayo ina uwekaji wa nukleotidi ya guanini (+G) katika nafasi ya 773 tangu mwanzo wa jeni, na kusababisha mabadiliko na usumbufu wa muundo wa protini ya AgaC ya udhibiti, ambayo ni muhimu kuanzisha unukuzi wa jeni za opereni ya arabinose. .

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile wa uzalishaji tofauti wa isocitr-lyase katika aina ya pathojeni ya tauni ya spishi kuu na ndogo imeanzishwa, inayohusishwa na uwepo wa kuingizwa kwa nucleotides mbili (+CC) katika jeni la udhibiti. iclR katika nafasi ya 26! 270, ambayo hupelekea kuamilishwa kwa acetate operon repressor protein IclR iliyosimbwa nayo na ndio sababu ya usanisi wa kimeng'enya isocitr lyase katika aina za spishi ndogo kuu. Aina za spishi ndogo zina jeni la shtact iclR na hazina uwezo wa usanisi wa isositrati lyase.

Imeonyeshwa kuwa kutokuwepo kwa fermentation ya melibiose katika matatizo Y. wadudu aina ndogo kuu ni kutokana na kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingiza IS285 jeni melB, kusimba kimeng'enya cha galactoside permease. Katika aina za spishi ndogo zisizo kuu, kuingizwa kwa IS2&5 kwenye jeni melB kutokuwepo.

Kwa mara ya kwanza, msingi wa maumbile ya auxotrophy ya aina ya spishi ndogo za Caucasian, ambazo zinahusishwa. Na kuanzishwa kwa mlolongo wa kuingiza IS100 jeni ArgA Na aroF, ingiza 10 bp. kwenye jeni aroG, kuingizwa kwa jeni la thymine nucleotide thiHv. 13 bp kufutwa katika jeni thiG.

Kupatikana sifa za Masi ya matatizo Y. wadudu spishi ndogo kuu na mpya kulingana na jeni zinazosimba sifa za biokemikali ambazo zina msingi wa mgawanyiko katika spishi ndogo na viumbe hai, huunda msingi wa ukuzaji wa mpango wa kijeni kwa uainishaji wa ndani wa pathojeni ya tauni.

Kulingana na matokeo ya kazi, maombi ya uvumbuzi "Njia ya kuamua aina ndogo za aina ya pathojeni ya tauni kwa njia ya mpangilio" yaliwasilishwa (Na. 2009116913. Kipaumbele cha Mei 14, 2009. Uamuzi ulipokelewa kutoa hati miliki na " Njia ya utofautishaji wa spishi ndogo za aina Yersinia wadudu kwa njia ya uchapaji wa safu nyingi (Na. 2009146094. Kipaumbele kutoka 11.12.2009).

Umuhimu wa vitendo wa kazi. Kulingana na matokeo ya kazi hiyo, mapendekezo ya kimbinu "Kuamua aina ndogo za aina ya pathojeni ya tauni kulingana na mpangilio wa jeni" yalitolewa na kuidhinishwa. rhaS Na ndio, kudhibiti uchachushaji wa rhamnose na arabinose" (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIHR "Microbe". Itifaki Na. 6 ya Juni 16, 2009) na "Uamuzi wa aina ndogo;

7 sifa za mkazo Yersinia wadudu kwa njia ya kuandika mlolongo wa multilocus (iliyoidhinishwa na mkurugenzi wa RosNIPCI "Microbe". Itifaki No. 1 ya Februari 23, 2010).

Aina tatu zimewekwa kwenye Mkusanyiko wa Jimbo la Bakteria Pathogenic: Y. wadudu KM 910 ya Altai, KM 596 ya Gissar na KM 1861 ya spishi ndogo za Ulega kama aina za marejeleo za spishi ndogo hizi.

Data juu ya shirika la maumbile ya matatizo yaliyopatikana wakati wa utafiti Y. wadudu hutumika wakati wa kutoa mihadhara juu ya mada "Genetics of the Plague Causative Agent" katika utaalam na kozi za mafunzo ya juu katika RosNIPCI "Microbe".

Masharti ya ulinzi:

Matatizo ya wakala wa causative wa tauni ya spishi ndogo kuu, zinazozunguka katika msingi wa asili wa Shirikisho la Urusi na nchi jirani, ni mali ya viumbe vya zamani na vya kati, kama inavyothibitishwa na data kutoka kwa uchambuzi wa kina wa mali ya kibiolojia, biochemical na maumbile ya aina hizi.

Msingi wa udhihirisho tofauti wa sifa za biochemical zinazotumiwa wakati wa kugawanya matatizo Y. wadudu spishi ndogo na viumbe hai vina aina tofauti za mabadiliko katika jeni zinazosimba sifa hizi. Ukosefu wa uwezo wa kupunguza nitrati katika aina ya spishi kuu za biovar ya medieval inahusishwa na uwepo wa mabadiliko yasiyo na maana (G-T) kwenye jeni. jozi periplasmic nitrate reductase, na katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar - kwa kuingizwa kwa nucleotidi moja kwenye jeni. ssuA protini ya usafiri wa periplasmic SsuA. Kutokuwepo kwa uchachushaji wa arabinose katika aina za spishi ndogo za Altai na Gissar kunatokana na kuingizwa kwa nukleotidi ya guanini kwenye mfuatano wa jeni. ndioS.

Shughuli tofauti za kibiokemikali za aina za spishi kuu na ndogo za pathojeni ya tauni kulingana na idadi ya sifa tofauti husababishwa na kupunguzwa kwa jeni zinazozisimba katika spishi ndogo kuu na ukamilifu wao katika spishi ndogo ndogo. Kutokuwepo kwa Fermentation ya melibiose na aina za spishi kuu ni kwa sababu ya kuanzishwa kwa jeni. melB galactoside permease, na usanisi wa isositrati lyase katika aina za spishi hii ni kutokana na kuingizwa kwa nukleotidi mbili (CC) kwenye mfuatano wa jeni inayodhibiti. iclR. Aina za spishi ndogo zina jeni zisizobadilika melB Na iclR.

Sababu ya mahitaji mengi ya lishe ya aina nyingi Y. wadudu Aina ndogo za Caucasian ni uanzishaji wa idadi ya jeni kwa biosynthesis ya asidi ya amino na vitamini. Utegemezi wa aina za spishi hii ndogo kwa arginine unasababishwa na kuingizwa kwa IS70O kwenye jeni. argA, kwa phenylalanine - ingiza 10 bp. kwenye jeni aroG, kwa tyrosine - kuingizwa IS100 kwenye jeni aroF, kwa thiamine (BO kwa kufutwa kwa 13 bp - katika jeni thiG na kuingizwa kwa moja

Nucleotide ya 8 ndani MN. Kulingana na tata nzima ya mabadiliko yaliyotambuliwa ya aina za Caucasia na spishi zingine, na vile vile biovars ya pathojeni ya tauni, genotypes za tabia ziliamuliwa ambazo zinaweza kutumika kuunda mpango wa maumbile kwa uainishaji wa ndani. Y. wadudu.

Uidhinishaji wa kazi. Nyenzo za tasnifu ziliwasilishwa na kujadiliwa katika Mkutano wa IX wa Kisayansi na Vitendo wa Nchi Wanachama wa CIS "Teknolojia za kisasa katika utekelezaji wa mkakati wa kimataifa wa kupambana na magonjwa ya kuambukiza kwenye eneo la nchi wanachama wa Jumuiya ya Madola Huru", Volgograd. , 2008; Mkutano wa Kimataifa wa VI "Uchunguzi wa Masi na Usalama wa Bio", M., 2009; shule ya kisayansi na ya vitendo ya mkutano wa wanasayansi wachanga na wataalamu wa Huduma ya Shirikisho ya Usimamizi wa Ulinzi wa Haki za Mtumiaji na Ustawi wa Kibinadamu "Teknolojia za kisasa za kuhakikisha usalama wa kibaolojia", Mei 25 - 27, 2010; katika mikutano ya mwisho ya kila mwaka ya RosNIPCI "Microbe", Saratov 2008 - 2010.